query(seqinr)
query()所属R语言包：seqinr
To get a list of sequence names from an ACNUC data base located on the web
从的一个ACNUC数据碱基设在网络上得到的序列名称列表
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This is a major command of the package. It executes all sequence retrievals using any selection criteria the data base allows. The sequences are coming from ACNUC data base located on the web and they are transfered by socket. The command produces the list of all sequence names that fit the required criteria. The sequence names belong to the class of sequence SeqAcnucWeb.
这是一个重大的软件包的命令。它执行所有的序列检索数据的基础上允许使用任何选择条件。序列来自ACNUC数据的基础上，在网络上，他们被转移的插座。该命令将符合规定标准的所有序列名称列表。该序列名称是属于到序列SeqAcnucWeb之类的。
用法----------Usage----------
query(listname, query, socket = autosocket(), invisible = TRUE, verbose = FALSE, virtual = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：listname
The name of the list as a quoted string of chars
带引号的字符串的字符列表中的名称
参数：query
A quoted string of chars containing the request with the syntax given in the details section
带引号的字符串的字符，包含请求在细节部分的语法
参数：socket
an object of class sockconn connecting to a remote ACNUC database (default is a socket to the last opened database).
对象的类sockconn连接到一个的远程ACNUC数据库（默认值是一个socket的最后一个打开的数据库）。
参数：invisible
if FALSE, the result is returned visibly.
如果FALSE，返回的结果是明显的。
参数：verbose
if TRUE, verbose mode is on
如果TRUE，详细模式是
参数：virtual
if TRUE, no attempt is made to retrieve the information about all the elements of the list. In this case, the req component of the list is set to NA.
如果TRUE，没有尝试进行检索列表中的所有元素的信息。在这种情况下，req组件的列表中被设置成NA。
Details
详细信息----------Details----------
The query language defines several selection criteria and operations between lists of elements matching criteria. It creates mainly lists of sequences, but also lists of species (or, more generally, taxa) and of keywords. See http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/acnuc/cfonctions.html#QUERYLANGUAGE for the last update of the description of the query language.<br>
查询语言定义了几个选择标准和操作之间的匹配标准的元素的列表。它创建主要为序列的列表，但也列出的种类（或更一般地，分类群）和关键字。请参见http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/acnuc/cfonctions.html＃QUERYLANGUAGE最后更新的查询语言的描述。<br>物理化学学报
Selection criteria (no space before the = sign) are:
选择标准（无空格前的等号（=））：
SP=taxon seqs attached to taxon or any other below in tree; @ wildcard possible
SP =的类群seqs连接到类群或任何其他下面的树@通配符可能
TID=id seqs attached to given numerical NCBI's taxon id
附加TID = ID seqs的给定的数值NCBI的分类单元ID
K=keyword seqs attached to keyword or any other below in tree; @ wildcard possible
K =的关键字seqs连接到关键字或任何其他下面的树@通配符可能
T=type seqs of specified type
T =的类型seqs的指定类型
J=journalname seqs published in journal specified using defined journal code
J = journalname seqs发表在杂志指定使用已定义的log代码
R=refcode seqs from reference specified such as in jcode/volume/page (e.g., JMB/13/5432)
R = refcode seqs参考，如在指定jcode /体积/页（例如，JMB/13/5432）
AU=name seqs from references having specified author (only last name, no initial)
AU =的名称seqs从指定的作者（只有姓，没有初始的引用）
AC=accessionno seqs attached to specified accession number
附加AC = accessionno seqs的到指定的登录号
N=seqname seqs of given name (ID or LOCUS); @ wildcard possible
N = seqname seqs给定的名称（ID或位点）; @通配符可能
Y=year seqs published in specified year; > and < can be used instead of =
Y =年seqs在指定年出版;>和<可以使用的，而不是=
O=organelle seqs from specified organelle named following defined code (e.g., chloroplast)
O =的单元器seqs从特定的单元器命名定义的代码（如叶绿体）
M=molecule seqs from specified molecule as named in ID or LOCUS annotation records
M =的分子seqs从已命名的在ID或轨迹注释记录特定的分子
ST=status seqs from specified data class (EMBL) or review level (UniProt)
ST =的状态seqs从指定的数据类（EMBL）或审查（的UniProt）
F=filename seqs whose names are in given file, one name per line (unimplemented use clfcd instead)
F =的文件名seqs的是在给定的文件名，每行一个名称（未实现使用clfcd代替）
FA=filename seqs attached to accession numbers in given file, one number per line (unimplemented use clfcd instead)
FA =的文件名seqs连接到给定的文件中加入数字，每一个数字线（未实现使用clfcd代替）
FK=filename produces the list of keywords named in given file, one keyword per line (unimplemented use clfcd instead)
FK =文件名产生在给定的文件命名的关键字列表，每行一个关键字（未用的clfcd，而不是使用）
FS=filename produces the list of species named in given file, one species per line (unimplemented use clfcd instead)
FS =文件名产生在给定的文件命名的物种名单，每行一个物种（未用的clfcd，而不是使用）
listname the named list that must have been previously constructed
论坛名称命名的列表，必须已经在以前构造的
Operators (always followed and preceded by blanks or parentheses) are:
运算符（空格或括号始终遵循前面）：
AND intersection of the 2 list operands
和路口的列表中操作数
OR union of the 2 list operands
或联合的列表中操作数
NOT complementation of the single list operand
不是单独的列表中操作数的互补性
PAR compute the list of parent seqs of members of the single list operand
PAR计算单个列表中的操作数的成员的父seqs的列表
SUB add subsequences of members of the single list operand
SUB外接子序列的单列表操作
PS project to species: list of species attached to member sequences of the operand list
PS项目种类：连接到操作数列表的成员序列的物种名单
PK project to keywords: list of keywords attached to member sequences of the operand list
关键字：关键字列表的操作数列表中的成员序列PK项目
UN unproject: list of seqs attached to members of the species or keywords list operand
联合国unproject：seqs的品种或关键字列表操作列表
SD compute the list of species placed in the tree below the members of the species list operand
SD计算列表中种下的树中的物种名单中的成员操作
KD compute the list of keywords placed in the tree below the members of the keywords list operand
KD计算下的树中的关键字列表操作列表中的关键字
The query language is case insensitive.Three operators (AND, OR, NOT) can be ambiguous because they can also occur within valid criterion values. Such ambiguities can be solved by encapsulating elementary selection criteria between escaped double quotes.
查询语言是的情况下insensitive.Three运算符（AND，OR，NOT）可以是模糊的，因为他们也可能发生在有效的标准值。封装转义双引号之间的基本选择标准，可以解决这样的多义性。
值----------Value----------
The result is directly assigned to the object listname in the user workspace. This is an objet of class qaw, a list with the following 6 components:
结果直接分配给对象listname在用户工作区。这是一个OBJET巴黎家居装饰博览会类qaw，具有以下6个组成部分的列表：
参数：call
the original call
原始呼叫
参数：name
the ACNUC list name
的ACNUC列表名称
参数：nelem
the number of elements (for instance sequences) in the ACNUC list
元素的数目（例如序列）在ACNUC列表
参数：typelist
the type of the elements of the list. Could be SQ for a list of sequence names, KW for a list of keywords, SP for a list of species names.
的元素的列表的类型。可能是SQ为序列名称的列表，KW的关键字列表，SP的物种名称的列表。
参数：req
a list of sequence names that fit the required criteria or NA when called with parameter virtual is TRUE
序列名称的列表，符合所要求的标准或NA调用时参数virtual是TRUE
参数：socket
the socket connection that was used
使用的套接字连接，
注意----------Note----------
Most of the documentation was imported from ACNUC help
进口的文档ACNUC帮助
（作者）----------Author(s)----------
J.R. Lobry & D. Charif
参考文献----------References----------
the following url: http://pbil.univ-lyon1.fr/search/releases.php<br> Gouy, M., Milleret, F., Mugnier, C., Jacobzone, M., Gautier,C. (1984) ACNUC: a nucleic acid sequence data base and analysis system. Nucl. Acids Res., 12:121-127.<br> Gouy, M., Gautier, C., Attimonelli, M., Lanave, C., Di Paola, G. (1985) ACNUC - a portable retrieval system for nucleic acid sequence databases: logical and physical designs and usage. Comput. Appl. Biosci., 3:167-172.<br> Gouy, M., Gautier, C., Milleret, F. (1985) System analysis and nucleic acid sequence banks. Biochimie, 67:433-436.<br>
参见----------See Also----------
choosebank, getSequence, getName, crelistfromclientdata
choosebank，getSequence，getName，crelistfromclientdata
实例----------Examples----------
## Not run: [＃不运行：]
# Need internet connection[需要互联网连接]
choosebank("genbank")
query("bb", "sp=Borrelia burgdorferi")
# To get the names of the 4 first sequences:[要获得的4个第一序列的名称：]
sapply(bb$req[1:4], getName)
# To get the 4 first sequences:[要获得第一序列：]
sapply(bb$req[1:4], getSequence, as.string = TRUE)
## End(Not run)[＃（不执行）]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-9-30 01:22:43
