pmw(seqinr)
pmw()所属R语言包：seqinr
Protein Molecular Weight
蛋白质分子量
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
With default parameter values, returns the apparent molecular weight of one mole (6.0221415 e+23) of the input protein expressed in gram at see level on Earth with terrestrial isotopic composition.
默认参数值，返回一摩尔（6.0221415Ë+23）的输入克表示在地球上看到水平与地面同位素组成的蛋白质的表观分子量。
用法----------Usage----------
pmw(seqaa, Ar = c(C = 12.0107, H = 1.00794, O = 15.9994,
N = 14.0067, P = 30.973762, S = 32.065), gravity = 9.81,
unit = "gram", checkseqaa = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：seqaa
a protein sequence as a vector of single chars. Allowed values are "*ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY", non allowed values are ignored.
单字符作为一个向量的蛋白质序列。允许的值是* ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY“，非允许的值将被忽略。
参数：Ar
a named vector for the mean relative atomic masses of CHONPS atoms. Defaults values are from to the natural terrestrial sources according to the 43rd IUPAC General Assembly in Beijing, China in August 2005 (See http://www.iupac.org/reports/periodic_table/ for updates).
一个命名为向量的平均相对原子质量CHONPS原子。从自然陆地来源的默认值，是根据第43届IUPAC大会在中国北京，2005年8月（见http://www.iupac.org/reports/periodic_table/的更新）。
参数：gravity
gravitational field constant in standard units. Defaults to 9.81 m/s2, that is to the average value at see level on Earth. Negative values are not allowed.
引力场标准单位保持不变。默认为9.81 m/s2，在看到地球上的平均值。负值是不允许的。
参数：unit
a string that could be "gram" to get the result in grams (1 g = 0.001 kg) or "N" to get the result in Newton units (1 N = 1 kg.m/s2).
一个字符串，它可能是“克”克（1克= 0.001千克）或“N”得到的结果，得到的结果在牛顿的单位（1 N = 1 kg.m/s2）。
参数：checkseqaa
if TRUE pmw() warns if a non-allowed character in seqaa is found.
如果是TRUE pmw()警告说，如果一个不允许的字符seqaa，是发现。
Details
详细信息----------Details----------
Algorithm Computing the molecular mass of a protein is close to a linear form on amino-acid frequencies, but not exactly since we have to remove n - 1 water
算法计算的相对分子质量的蛋白质是氨基酸频率的线性形式，但不完全，因为我们要删除n - 1水
Cysteine All cysteines are supposed to be in reduced (-SH) form.
半胱氨酸所有的半胱氨酸残基被认为是在降低（-SH）的形式。
Methionine All methionines are supposed to be not oxidized.
蛋氨酸所有甲硫氨酸都被认为是不被氧化。
Modifications No post-traductional modifications (such as phosphorylations)
修改没有traductional后修饰（如磷酸化）
Rare Rare amino-acids (pyrolysine and selenocysteine) are not handled.
罕见稀有氨基酸（pyrolysine和硒）不处理。
Warning Do not use defaults values for Ar to compute the molecular mass of alien's proteins: the isotopic composition for CHONPS atoms could be different from terrestrial data in a xenobiotic context. Some aliens are easily offended, make
警告：不要使用默认值的Ar外来的蛋白质分子质量的计算：从陆地数据在一个外源性的背景下，CHONPS原子的同位素组成可能会有所不同。一些外国人很容易被冒犯，
值----------Value----------
The protein molecular weight as a single numeric value.
蛋白质分子量为一个单一的数值。
（作者）----------Author(s)----------
J.R. Lobry
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
s2c, c2s, aaa, a
s2c，c2s，aaa，a
实例----------Examples----------
allowed <- s2c("*ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY") # All allowed chars in a protein[所有允许的字符中的一种蛋白质]
pmw(allowed)
all.equal(pmw(allowed), 2395.71366) # Should be true on most platforms[在大多数平台上应该是真实的]
#[]
# Compute the apparent molecular weight on Moon surface:[计算月球表面上的表观分子量：]
#[]
pmw(allowed, g = 1.6)
#[]
# Compute the apparent molecular weight in absence of gravity:[在没有重力的情况下，计算的表观分子量：]
#[]
pmw(allowed, g = 0) # should be zero[应该是零]
#[]
# Reports results in Newton units:[报告结果在牛顿的单位：]
#[]
pmw(allowed, unit = "N")
#[]
# Compute the mass in kg of one mol of this protein:[计算的质量（公斤）1摩尔的这种蛋白质：]
#[]
pmw(allowed)/10^3
#[]
# Compute the mass for all amino-acids:[计算所有氨基酸的质量：]
#[]
sapply(allowed[-1], pmw) -> aamw
names(aamw) <- aaa(names(aamw))
aamw
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发表于 2012-9-30 01:22:11
