R语言 seqinr包 plotabif()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotabif(seqinr)
plotabif()所属R语言包：seqinr

                                        Electrophoregram plot for ABIF data
                                         电泳图ABIF数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Simple chromatogram plot for data imported with the read.abif function.
简单的色谱图与read.abif函数导入的数据。


用法----------Usage----------


plotabif(abifdata,
  chanel = 1,
  tmin = 1/tscale,
  tmax = abifdata$Data[["SCAN.1"]]/tscale,
  tscale = 1000,
  yscale = 1000, type = "l", las = 1,
  xlab = paste("Time", tscale, sep = "/"),
  ylab = paste("RFU", yscale, sep = "/"),
  irange = (tmin*tscale)tmax*tscale),
  x = irange/tscale,
  xlim = c(tmin, tmax),
  chanel.names = c(1:4,105),
  DATA = paste("DATA", chanel.names[chanel], sep = "."),
  y = abifdata$Data[[DATA]][irange]/yscale,
  ylim = c(min(y), max(y)),
  dyn = abifdata$Data[[paste("DyeN", chanel, sep = ".")]],
  main = paste(deparse(substitute(abifdata)), chanel, dyn, sep = " ; "),
  calibr = NULL,
  ladder.bp = NULL,
  allele.names = "identifiler",
  ladder.lab = TRUE,
  ...)



参数----------Arguments----------

参数：abifdata
the result returned by read.abif
返回的结果由read.abif


参数：chanel
the dye number
染料号


参数：tmin
scaled starting time for the time axis
缩放时间轴开始时间


参数：tmax
scaled ending time for the time axis
规模的结束时间为时间轴


参数：tscale
scale factor for the time axis
为时间轴的比例因子


参数：yscale
scale factor for the y-axis (RFU)
为y-轴的比例因子（RFU）的


参数：type
type of line drawing forwarded to plot
转发画线的类型plot


参数：las
orientation of axis labels forwarded to plot
方向轴的标签转发到plot


参数：xlab
x-axis label forwarded to plot
X轴标签转发到plot


参数：ylab
y-axis label forwarded to plot
Y轴标签转发到plot


参数：irange
indices of data to be plotted
指标的数据被绘制


参数：x
values used for the x-axis
用于的x轴的值


参数：xlim
limits for the x-axis forwarded to plot
的x-轴的限制转发到plot


参数：chanel.names
numbers extensions used for the DATA
用于的DATA数字扩展


参数：DATA
names of the DATA components
的DATA组件的名称


参数：y
values used for the y-axis
用于的y轴的值


参数：ylim
limits for the y-axis forwarded to plot
y-轴的限制转发到plot


参数：dyn
dye name
染料名称


参数：main
title for the plot forwarded to plot
标题积转发到plot


参数：calibr
an optional calibration function to convert time into bp
一个可选的校准功能，转换时间到BP


参数：ladder.bp
an optional ladder scale in bp (calibr must be provided)
一个可选的阶梯规模的BP（，CALIBR必须提供）


参数：allele.names
name of the dataset with allele names
等位基因名称的数据集的名称


参数：ladder.lab
logical: should allele names be added on plot
逻辑：应等位基因的名字被添加在图


参数：...
arguments forwarded to plot
参数转发到plot


值----------Value----------

Returns invisibly its local graphical parameter settings.
返回不可见的本图形的参数设置。


（作者）----------Author(s)----------


J.R. Lobry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

function read.abif to import files in ABIF format,  data gs500liz for internal size standards, data identifiler for allele names in the allelic ladder, data JLO for an example of an individual sample file, data ECH for an example of an allelic lader.
函数read.abif要导入文件中ABIF格式，数据gs500liz内部尺寸标准，数据identifiler等位基因名中的等位基因阶梯，数据JLO的一个例子个人示例文件，数据ECH的等位基因雷德的一个例子。


实例----------Examples----------


data(ECH)
plotabif(ECH,chanel = 1, tmin = 3.2, tmax = 6.1)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。