R语言 seqinr包 peakabif()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

peakabif(seqinr)
peakabif()所属R语言包：seqinr

                                        Extraction of Peak locations, Heights and Surfaces from ABIF data
                                         山顶的位置，高度和表面ABIF数据的提取

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Simple peak location for data imported with the read.abif function using cubic spline interpolation.
简单的峰值位置数据的输入read.abif功能，使用三次样条插值。


用法----------Usage----------


peakabif(abifdata,
  chanel,
  npeak,
  thres = 400/yscale,
  fig = TRUE,
  chanel.names = c(1:4,105),
  DATA = paste("DATA", chanel.names[chanel], sep = "."),
  tmin = 1/tscale,
  tmax = abifdata$Data[["SCAN.1"]]/tscale,
  tscale = 1000,
  yscale = 1000,
  irange = (tmin*tscale)tmax*tscale),
  y = abifdata$Data[[DATA]][irange]/yscale,
  method = "monoH.FC",
  maxrfu = 1000,
  ...)



参数----------Arguments----------

参数：abifdata
the result returned by read.abif
返回的结果由read.abif


参数：chanel
the dye number
染料号


参数：npeak
the expected number of peaks
预期的峰数


参数：thres
scaled threshold value
标度阈值


参数：fig
logical: should localized peaks be plotted
本地化的逻辑：应峰绘制


参数：chanel.names
numbers extensions used for the DATA
用于的DATA数字扩展


参数：DATA
names of the DATA components
的DATA组件的名称


参数：tmin
scaled starting time for the time axis
缩放时间轴开始时间


参数：tmax
scaled ending time for the time axis
规模的结束时间为时间轴


参数：tscale
scale factor for the time axis
为时间轴的比例因子


参数：yscale
scale factor for the y-axis (RFU)
为y-轴的比例因子（RFU）的


参数：irange
indices of data to be plotted
指标的数据被绘制


参数：y
values used for the y-axis
用于的y轴的值


参数：method
method to be used by splinefun
方法，可以使用由splinefun


参数：maxrfu
argument passed to baselineabif
参数传递给baselineabif


参数：...
arguments forwarded to plot
参数转发到plot


值----------Value----------

Returns invisibly a list with the unscaled values for the locations of peaks, heights of peaks and surfaces of peaks and baseline estimate. The peak location are in datapoint units, that is an integer starting at 1 for the first experimental point, 2 for the second experimental point, etc.  However, due to interpolation between points the estimated peak location is usually not an integer.
无形地返回一个列表，非标度值的位置高峰，高峰的峰值和表面峰和基线估计。的峰值的位置是在数据点的单位，这是一个整数，从1开始的第一个实验点，2为第二个实验点，等等。然而，由于估计的峰值位置之间的内插点通常是不是一个整数。


（作者）----------Author(s)----------


J.R. Lobry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

function read.abif to import files in ABIF format,  plotabif to plot them, data gs500liz for internal size standards, data identifiler for allele names in the allelic ladder, data JLO for an example of an individual sample file, data ECH for an example of an allelic lader.
函数read.abif导入文件中ABIF格式，plotabif的绘制他们的数据gs500liz内部尺寸标准，数据identifiler的等位基因阶梯等位基因的名字，数据 X>为单个样品文件的一个例子，数据JLO的等位基因雷德的一个例子。


实例----------Examples----------


data(JLO)
JLO.maxis <- peakabif(JLO, 5, npeak = 14, tmin = 2.7, thres = 0.1)$maxis

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