R语言 seqinr包 getAnnot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getAnnot(seqinr)
getAnnot()所属R语言包：seqinr

                                        Generic Function to get sequence annotations
                                         得到的序列注释的通用功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Annotations are taken from the Annot attribute for sequences imported from a FASTA file and retrieved from an ACNUC server for objects of the SeqAcnucWeb class.
注释是从Annot属性从FASTA文件导入和检索从一个ACNUC的服务器SeqAcnucWeb类的对象的序列。


用法----------Usage----------


getAnnot(object, ...)
## S3 method for class 'SeqAcnucWeb'
getAnnot(object, ..., nbl = 100, socket = autosocket())



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of the class SeqAcnucWeb or SeqFastadna, or SeqFastaAA or a list of these objects  
一个对象的类SeqAcnucWeb或SeqFastadna或SeqFastaAA或这些对象的列表


参数：nbl
the maximum number of line of annotation to read. Reading of  lines stops when nbl lines have been transmitted or at the last annotation  line of the sequence (SQ or ORIGIN line).  
注解行的最大数目来阅读。读线时停止的nbl线已发送或在最后的序列（SQ或ORIGIN线）的注解行。


参数：socket
an object of class sockconn connecting to a remote ACNUC database (default is a socket to the last opened database).
对象的类sockconn连接到一个的远程ACNUC数据库（默认值是一个socket的最后一个打开的数据库）。


参数：...
further arguments passed to or from other methods
进一步的参数传递给其他方法


值----------Value----------

getAnnot returns a vector of string of characters containing the annotations for the sequences.
getAnnot返回一个向量的字符串的字符序列的注解。


（作者）----------Author(s)----------


D. Charif and J.R. Lobry and L. Palmeira



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

query, SeqAcnucWeb, c2s, translate and prepgetannots to select the annotation lines.
query，SeqAcnucWeb，c2s，translate和prepgetannots选择的注释行。


实例----------Examples----------


#[]
# List all available methods for getAnnot generic function:[列出所有可用的方法getAnnot通用功能：]
#[]
   methods(getAnnot)
#[]
# SeqAcnucWeb class example:[SeqAcnucWeb类的例子：]
#[]
  ## Not run: [＃不运行：]
  # Need internet connection[需要互联网连接]
  choosebank("emblTP")
  query("fc", "sp=felis catus et t=cds et O=mitochondrion et Y>2001 et no k=partial")
  # get the first 5 lines annotating the first sequence:[获得第5行注释的第一个序列：]
  annots <- getAnnot(fc$req[[1]], nbl = 5)
  cat(annots, sep = "\n")
  # or use the list method to get them all at once:[或使用该列表的方法，让他们在一次：]
  annots <- getAnnot(fc$req, nbl = 5)
  cat(annots, sep = "\n")
  closebank()
  
## End(Not run)[＃（不执行）]
#[]
# SeqFastaAA class example:[SeqFastaAA类的例子：]
#[]
   aafile <- system.file("sequences/seqAA.fasta", package = "seqinr")
   sfaa <- read.fasta(aafile, seqtype = "AA")
   getAnnot(sfaa[[1]])
#[]
# SeqFastadna class example:[SeqFastadna类的例子：]
#[]
   dnafile <- system.file("sequences/malM.fasta", package = "seqinr")
   sfdna <- read.fasta(file = dnafile)
   getAnnot(sfdna[[1]])
#[]
# Example with a FASTA file with multiple entries:[与FASTA文件具有多个条目的示例：]
#[]
  ff <- system.file("sequences/someORF.fsa", package = "seqinr")
  fs <- read.fasta(ff)
  getAnnot(fs) # the list method is used here to get them all at once[这里使用的是list方法，让他们在一次]
#[]
# Default getAnnot method example. An error is produced because [默认getAnnot方法，例如。一个错误，因为]
# there are no annotations by default:[有没有注释默认情况下：]
#[]
   result <- try(getAnnot(letters))
   stopifnot(!inherits("result", "try-error"))

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注：
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