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R语言 seqinr包 gbk2g2()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-9-30 01:18:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
gbk2g2(seqinr)
gbk2g2()所属R语言包:seqinr

                                         Conversion of a GenBank format file into a glimmer-like one
                                         到了一丝像一个GenBank格式文件的转换

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function reads a file in GenBank format and converts the features corresponding to CDS (Coding Sequences) into a format similar to glimmer program output.
此功能在GenBank格式和读取一个文件转换一丝程序输出类似的格式的CDS(编码序列)对应的功能。


用法----------Usage----------


gbk2g2(gbkfile = system.file("sequences/ct.gbk", package ="seqinr"),
g2.coord = "g2.coord")



参数----------Arguments----------

参数:gbkfile
The name of the GenBank file  
在GenBank文件的名称


参数:g2.coord
The name of the output file in glimmer-like format  
一丝类似的格式输出文件的名称


Details

详细信息----------Details----------

Partial CDS (either 5' or 3') and join in features are discarded.
部分的CDS(无论是5或3)和加入的功能将被丢弃。


值----------Value----------

The input file is returned invisibly.
返回输入文件不可见的。


(作者)----------Author(s)----------


J.R. lobry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

oriloc which uses glimmer-like files,
oriloc使用了一丝类似的文件,


实例----------Examples----------


  suppressWarnings(gbk2g2(g2.coord = "gbk2g2.test"))
  res <- read.table("gbk2g2.test")
  head(res)
  stopifnot(nrow(res) == 892)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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