dotchart.uco(seqinr)
dotchart.uco()所属R语言包：seqinr
Cleveland plot for codon usage tables
克利夫兰图的密码子使用表
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Draw a Cleveland dot plot for codon usage tables
画一个密码子使用表克利夫兰点图
用法----------Usage----------
dotchart.uco(x, numcode = 1, aa3 = TRUE, cex = 0.7, alphabet = s2c("tcag"),
pch = 21, gpch = 20, bg = par("bg"), color = par("fg"), gcolor = par("fg"),
lcolor = "gray", xlim, ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
table of codon usage as computed by uco.
的密码子使用表计算uco。
参数：numcode
the number of the code to be used by translate.
所要使用的代码的数目translate。
参数：aa3
logical. If TRUE use the three-letter code for amino- acids. If FALSE use the one-letter code for amino-acids.
逻辑。如果是TRUE氨基酸的三个字母的代码。如果为FALSE，氨基酸的单字母代码。
参数：cex
the character size to be used.
要使用的字符尺寸。
参数：alphabet
character for codons labels
字符密码子标签
参数：pch
the plotting character or symbol to be used.
要用于绘制的字符或符号。
参数：gpch
the plotting character or symbol to be used for group values.
组值用于绘制的字符或符号。
参数：bg
the background color to be used.
要使用的颜色的背景。
参数：color
the color(s) to be used for points an labels.
的颜色（s）到使用点的标签。
参数：gcolor
the single color to be used for group labels and values.
单一颜色被用于组标签和值。
参数：lcolor
the color(s) to be used for the horizontal lines.
的颜色（S）以用于在水平直线。
参数：xlim
horizontal range for the plot
图的水平范围内
参数：...
graphical parameters can also be specified as arguments
图形参数也可以指定为参数
值----------Value----------
An invisible list with components:
无形的组件列表：
参数：x
table of codon usage
的密码子使用表
参数：labels
codon names
密码子的名字
参数：groups
amino acid factor
氨基酸因素
参数：gdata
sums by amino acid
款项由氨基酸
参数：ypg
the y-axis coordinates for amino acids
的y轴坐标为氨基酸
参数：ypi
the y-axis coordinates for codons
的y轴坐标为密码子
（作者）----------Author(s)----------
J.R. Lobry
参考文献----------References----------
Monterey, CA: Wadsworth. <code>citation("seqinr")</code>
参见----------See Also----------
dotchart, uco, aaa,
dotchart，uco，aaa，
实例----------Examples----------
# Load dataset:[加载的数据集：]
data(ec999)
# Compute codon usage for all coding sequences:[计算所有编码序列的密码子使用：]
ec999.uco <- lapply(ec999, uco, index="eff")
# Put it in a dataframe:[把它放在一个数据框：]
df <- as.data.frame(lapply(ec999.uco, as.vector))
# Add codon names:[添加密码子的名字：]
row.names(df) <- names(ec999.uco[[1]])
# Compute global codon usage:[计算全球密码子的使用：]
global <- rowSums(df)
# Choose a title for the graph:[选择一个标题为图形：]
title <- "Codon usage in 999 E. coli coding sequences"
# Plot data:[绘图数据：]
dotchart.uco(global, main = title)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-9-30 01:16:37
