R语言 seqinr包 dist.alignment()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dist.alignment(seqinr)
dist.alignment()所属R语言包：seqinr

                                         Pairwise Distances from Aligned Protein or DNA/RNA Sequences
                                         成对距不结盟蛋白质或DNA / RNA序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions compute a matrix of pairwise distances from aligned sequences  using similarity (Fitch matrix, for protein sequences only) or identity matrix  (for protein and DNA sequences). The resulting matrix contains the squared root of the pairwise distances. For example, if identity between 2 sequences is 80 the squared root of (1.0 - 0.8) i.e. 0.4472136.
这些函数计算的矩阵的成对距离从对齐使用相似度（Fitch的矩阵，对于蛋白质序列）或单位矩阵（用于蛋白质和DNA序列）的序列。由此产生的基体中含有成对的距离的平方根。例如，如果2个序列之间的同一性是80的平方根（1.0  -  0.8）即0.4472136。


用法----------Usage----------


dist.alignment(x, matrix = c("similarity", "identity"))



参数----------Arguments----------

参数：x
an object of class alignment, as returned by  read.alignment for instance
类的一个对象alignment，返回read.alignment


参数：matrix
the matrix distance to be used, partial matching allowed  
要使用的矩阵距离，允许部分匹配


值----------Value----------

The distance matrix, object of class dist, computed by using the  specified distance measure.
距离矩阵，对象类dist，通过使用指定的距离度量计算。


（作者）----------Author(s)----------


D. Charif and J.R. Lobry



参考文献----------References----------

Fitch, W.M. (1966) An improved method of testing for evolutionary homology.  J. Mol. Biol., 16:9-16.<br>


参见----------See Also----------

read.alignment  
read.alignment


实例----------Examples----------


myseqs <- read.alignment(file = system.file("sequences/test.mase",
package = "seqinr"), format = "mase")
dist.alignment(myseqs, matrix = "identity" )
as.matrix(dist.alignment(myseqs, matrix = "identity" ))

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