R语言 seqinr包 comp()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

comp(seqinr)
comp()所属R语言包：seqinr

                                         complements a nucleic acid sequence
                                         互补的核酸序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Complements a sequence, for instance if the sequence is  "a","c","g","t" it returns "t","g","c","a".  This is not the reverse complementary strand. This function can handle ambiguous bases if required.
互补序列，例如，如果序列"a","c","g","t"它返回"t","g","c","a"。这是不反向的互补链。如果需要的话，这个功能可以处理模糊碱基。


用法----------Usage----------


comp(seq, forceToLower = TRUE, ambiguous = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：seq
a DNA sequence as a vector of single chars  
单字符的一个DNA序列作为一个向量


参数：forceToLower
if TRUE characters in seq are forced to lower case
如果是TRUE字符seq被迫以较低的情况下，


参数：ambiguous
if TRUE ambiguous bases in seq are handled  
如果真正的暧昧碱基seq处理


值----------Value----------

a vector of characters which is the complement of the sequence, not the reverse complementary strand. Undefined values are returned as NA.
这是补体的序列，而不是相反的互补链的向量的字符。返回未定义的值都为NA。


（作者）----------Author(s)----------


D. Charif, J.R. Lobry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

Because ssDNA sequences are always written in the 5'->3' direction, use rev(comp(seq)) to get the reverse complementary strand (see rev).
由于单链DNA序列5-> 3方向始终被写入，使用转（COMP（SEQ））的反向互补链（见rev“）。


实例----------Examples----------


##[＃]
## Show that comp() does *not* return the reverve complementary strand:[＃显示排版（）*不*回报的reverve的互补链：]
##[＃]

c2s(comp(s2c("aaaattttggggcccc")))

##[＃]
## Show how to get the reverse complementary strand:[＃显示如何获取反向互补链：]
##[＃]

c2s(rev(comp(s2c("aaaattttggggcccc"))))

##[＃]
## Show what happens with non allowed values:[＃显示会发生什么事与非允许的值：]
##[＃]

c2s(rev(comp(s2c("aaaaXttttYggggZcccc"))))

##[＃]
## Show what happens with ambiguous bases:[＃显示会发生什么暧昧碱基：]
##[＃]

allbases <- s2c("abcdghkmstvwn")
comp(allbases) # NA are produced[NA生产]
comp(allbases, ambiguous = TRUE) # No more NA[没有更多的NA]

##[＃]
## Routine sanity checks:[＃常规完整性检查：]
##[＃]

stopifnot(identical(comp(allbases, ambiguous = TRUE), s2c("tvghcdmksabwn")))
stopifnot(identical(comp(c("A", "C", "G", "T"), forceToLower = FALSE), c("T", "G", "C", "A")))

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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