ScanCBSSimPlot(seqCBS)
ScanCBSSimPlot()所属R语言包：seqCBS
Plotting for CBS results of Simulated Data
模拟数据绘制为CBS结果
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This is an overall plotting function to display the segmentation for a chromosome, for simulation data.
这是一个整体的绘图功能，染色体，模拟数据显示分割。
用法----------Usage----------
ScanCBSSimPlot(cases, controls, CBSObj, trueTau, SpikeMat, filename, mainTitle, CIObj=NULL, length.out=10000, localWindow=0.5*10^5, localSeparatePlot=TRUE, smoothF=0.025, xlabScale=10^6, width=12, height=18)
参数----------Arguments----------
参数：cases
The case read positions (should be restricted to a chromosome)
的情况下，读出的位置（应仅限于染色体）
参数：controls
The control read positions (should be restricted to a chromosome)
读取控制位置（应仅限于染色体）
参数：CBSObj
The output object of the ScanCBS function
ScanCBS功能输出对象
参数：trueTau
The true location of the change points in simulation
在模拟中的变化点的真实位置
参数：SpikeMat
The matrix of signal spikes as generated by the relevant simulation functions
相关的模拟功能所产生的尖峰信号的矩阵
参数：filename
The output file names of the plot
输出文件名的图
参数：mainTitle
The title of the plot
图的标题
参数：CIObj
Optional; the Bayesian CI computed by BayesCptCI function
可选的贝叶斯CI计算BayesCptCI功能
参数：length.out
The number of windows to use for the display of smoothed rate estimates
用于平滑速率显示的窗口的数目估计
参数：localWindow
The number of genome locations to show around each of the called change points
基因组中的位置，以显示每个所谓的变化点的周围的数目
参数：localSeparatePlot
Whether to show the local behavior of each change point in a seperate PDF file. Default to TRUE. The output file are the given filename attached with the index and actual location of the change point.
是否显示的本地行为的每一个变化点在一个单独的PDF文件。默认为true。的输出文件是附有索引和实际位置的变化点的给定的文件名。
参数：smoothF
The lowess smoothing factor. The proportion of windows around the current window that affects its smoothed rate estimate
的LOWESS平滑因子。围绕当前窗口的窗口的比例，影响其平滑率估计
参数：xlabScale
The scaling factor of the read positions, often in 10^6, or Mb
读出的位置的缩放因子，常常在10 ^ 6个，或Mb
参数：width
The width of the output graph in inches
以英寸为单位的输出图形的宽度
参数：height
The height of the output graph in inches
以英寸为单位的输出图形的高度
Details
详细信息----------Details----------
This is similar to ScanCBSPlot. This function produces three sub-graphs, showing the segmentation calls, the smoothed rate estimate, and the inferred relative copy number. It is crucial that one seperates the plot for each chromosome. This also has an option of showing each change point details in seperate graphs.
这是类似ScanCBSPlot。此函数产生三个子图，示出的分割调用，平滑化率的估计，和推断的相对拷贝数。这是非常重要的一个邓演达对每个染色体的图。这也有一个选项的每一个变化点详细信息显示在单独的图形。
值----------Value----------
No return object
无返回的对象
（作者）----------Author(s)----------
Jeremy J. Shen
参见----------See Also----------
ScanCBS, ScanCBSPlot, relCNComp
ScanCBS，ScanCBSPlot，relCNComp
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发表于 2012-9-30 01:12:26
