R语言 seqCBS包 readInput()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readInput(seqCBS)
readInput()所属R语言包：seqCBS

                                         Manage reading and merging of raw datasets. Main file input
                                         管理阅读和原始数据集的合并。主文件输入

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is used to control the read of a meta file containing names of data files, merge, and give usable output for the main program
这是用来控制读取的元文件，其中包含的数据文件的名称，合并，并给可用的输出的主程序


用法----------Usage----------


readInput(inputFilename, formatName="Chiang", sep = "\t")



参数----------Arguments----------

参数：inputFilename
The name of file, containing relevant information of all input files
文件的名称，包含所有的输入文件的相关信息


参数：formatName
The format in which the data files are written in. We use the simple 'Chiang' as default format of input.
的格式，其中的数据被写入文件。我们使用简单的“蒋介石的默认格式输入。


参数：sep
Delimiter of the meta input file, default is tab-delimited
元输入文件中的分隔符，默认为制表符分隔


Details

详细信息----------Details----------

The meta input file should be organized in a table format with 2 columns, one of which is 'file' and the other is 'type', indicating the data file names and whether the data is from normal or tumor. We recommend using the 'Chiang' format, as used by the datasets of Chiang (2009). This format requires minimal memory and contains all relevant information for this program. It is a table with two columns, first being the chromosome of the mapped read, and the second being the position of the read in the chromosome. One line for each observation.
元的输入文件组织，应与2列的表格式，其中之一是文件，而另一个是“类型”，表示该数据文件的名称和数据是否是从正常或肿瘤。我们建议使用“蒋介石的格式，所用的清迈（2009年）的数据集。这种格式需要很少的内存，并包含这个程序的所有相关信息。它是一个表有两列，第一染色体映射的读取，和第二即在染色体中的读出的位置。一号线每个观测。


值----------Value----------

<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>normalSeq </td> <td> A list containing the combined normal/control reads</td></tr> <tr valign="top"><td>tumorSeq </td> <td> A list containing the combined case/tumor reads</td></tr> </table>
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> normalSeq </ TD> <td>一个列表，其中包含正常/合并控制读取</ TD> </ TR> < TR VALIGN =“顶”> <TD>tumorSeq  </ TD> <TD>一个列表，其中包含合并的情况下，/肿瘤读取</ TD> </ TR> </ TABLE>


（作者）----------Author(s)----------



Jeremy J. Shen




参见----------See Also----------

readListInputFile, readSeq
readListInputFile，readSeq


实例----------Examples----------


# This shows the format of the meta file[这示出的格式的元文件]
data(JSSim_Meta)
print(JSSim_Meta)

# This shows the recommended format, the Chiang data format[这显示了建议的格式，蒋数据格式]
data(JSSim_NormalSim1)
print(head(JSSim_NormalSim1))

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