R语言 seqCBS包 nhppSimConstWindowGen()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

nhppSimConstWindowGen(seqCBS)
nhppSimConstWindowGen()所属R语言包：seqCBS

                                         Simulate a Non-Homogeneous PP with constant window spike
                                         模拟非齐次与固定窗口的PP秒杀。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Simulate non-homogeneous Poisson processes with a number of constant-widths windows of signal spike, and output the data and meta file
模拟非齐次泊松过程具有恒定宽度的窗口的信号尖峰数，和输出的数据和元文件


用法----------Usage----------


nhppSimConstWindowGen(controlRates, filename, chromosomeN, nSpike=25, cptLen=c(3,5,8,12,20,30,50,75,100), nPair=2, nRepeat=10, minGain=1.5, maxGain=4, minLoss=0.01, maxLoss=0.5, pGain=0.6)



参数----------Arguments----------

参数：controlRates
The estimated rate of nhpp for the control
NHPP的控制率估计


参数：filename
The prefix of all the output files from this simulation
从这个模拟所有的输出文件的前缀


参数：chromosomeN
The chromosome number. Should be the number from which the samples are emulated
的染色体数目。从模拟样品应该是多少


参数：nSpike
Number of signal spikes
数的尖峰信号


参数：cptLen
Constant width of the signal (CN gain or loss) region to simulate, can be a vector of different values for which to test
恒定的宽度的信号的区域（CN增益或损失）来模拟，可以是一个不同的值测试向量


参数：nPair
Number of tumor samples to generate for each choice of the width of the signal; number of normal samples to generate
肿瘤样本的每个选择的信号的宽度来生成数;正常的样本来生成的数


参数：nRepeat
Number of times to repeat the simulation data generation
的次数重复的模拟数据生成


参数：minGain
Minimal signal gain
最小信号增益


参数：maxGain
Maximal signal gain
最大信号增益


参数：minLoss
Minimal signal loss
信号损失最小


参数：maxLoss
Maximal signal loss
最大信号损失


参数：pGain
Proportion of the signal regions that are CN gain
比例的信号的区域是CN增益


Details

详细信息----------Details----------

This function is used in conjunction with a modified, windowed rate vector to simulate non-homogeneous Poisson processes with a number of constant-widths windows of signal spike. One should use the nhppRateEstimate function to estimate the rate of a control sample one wishes to mimic. This function randomly choose windows of a specified constant width, and spike in signals (change points) which can be either gain or loss of copy numbers.
此功能用于结合用改良的，窗口的速率矢量具有恒定宽度的窗口的信号尖峰数来模拟非齐次泊松过程。每个人都应该使用nhppRateEstimate函数估计的速度控制样品的愿望模仿。此功能会随机选择一个指定的固定宽度的窗口和尖峰信号（变化点），它可以是收益或亏损的拷贝数。


值----------Value----------

No return value. Generates a number of .txt files, one for each normal/tumor sample as raw data, one input meta file and a file with the true change points for each choice of cptLen.
没有返回值。产生大量的txt文件，每个正常/肿瘤样本作为原始数据，一个输入荟萃文件和文件的真实变化点每个的cptLen选择。


（作者）----------Author(s)----------



Jeremy J. Shen




参见----------See Also----------

nhppSimulate
nhppSimulate

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。