R语言 altcdfenvs包 matchAffyProbes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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matchAffyProbes(altcdfenvs)
matchAffyProbes()所属R语言包：altcdfenvs

                                         Match the probes on an Affymetrix array
                                         Affymetrix公司的阵列匹配的探针

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Match the individual probes on an Affymetrix array to arbitrary targets.
匹配任意目标的Affymetrix公司的阵列的个别探针。


用法----------Usage----------


mmProbes(probes)

matchAffyProbes(probes, targets, chip_type,
                matchmm = TRUE,
                selectMatches = function(x) which(countIndex(x) > 0),
                ...)



参数----------Arguments----------

参数：probes
a probetable object  
probetable对象


参数：targets
a vector of references  
引用向量


参数：chip_type
a name for the chip type.
芯片类型的名称。


参数：matchmm
whether to match MM probes or not
是否mm探针或不匹配


参数：selectMatches
a function to select matches (see Details).
选择匹配的函数（见详情）。


参数：...
further arguments to be passed to matchPDict.
进一步的参数被传递到matchPDict。


Details

详情----------Details----------

The matching is performed by the function matchPDict. The man page for that function will indicate what are the options it accepts.
匹配功能matchPDict。什么是它接受的选项，将显示该函数的手册页。

In the case where a large number targets are given, like when each target represents a possible mRNA, is it expected to have a largely sparse incidence matrix, that is a low number of probes matching every target. For that reason, only the index of matching probes are associated with each given target, with the function selectMatches giving the definition of what are matching probes. The default function just count anything matching, but the user can specify a more stringent definition if wanted.
在大量的目标是给定的情况下，希望每一个目标时，代表一个可能的mRNA，它预计将有很大程度上是稀疏的关联矩阵，这是一个低匹配每一个目标的探测。出于这个原因，只有匹配的探针指数与每一个给定的目标，功能selectMatches什么是匹配探针的定义。默认功能只算什么匹配，但如果需要，用户可以指定一个更严格的定义。


值----------Value----------

mmProbes returns a vector of MM probe sequences.
mmProbes返回一个MM探针序列的向量。

matchAffyProbes returns an instance of AffyProbesMatch-class.
matchAffyProbes返回AffyProbesMatch-class的的实例。


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Gautier



参见----------See Also----------

matchPDict for details on how the matching is performed, AffyProbesMatch-class
matchPDict如何进行匹配的详细信息，AffyProbesMatch-class


举例----------Examples----------



library(hgu133aprobe)

filename <- system.file("exampleData", "sample.fasta",
                        package="altcdfenvs")

fasta.seq <- readFASTA(filename)

targets <- unlist(lapply(fasta.seq, "[[", "seq"))
names(targets) <- lapply(fasta.seq, "[[", "desc")
names(targets) <- sub("^>.+\\|(NM[^ \\|]+|Hs[^ \\|]+)\\| ? .+$", "",
                      names(targets))

m <- matchAffyProbes(hgu133aprobe,
                     targets,
                     "HG-U133A")



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