build.mappings(Agi4x44PreProcess)
build.mappings()所属R语言包:Agi4x44PreProcess
Creates data.frame with
创建数据框与
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Data frame with the mappings for the PROBE ID in the corresponding annotation package
探针ID映射为相应的注解包在数据框
用法----------Usage----------
build.mappings(esetPROC, annotation.package)
参数----------Arguments----------
参数:esetPROC
Expression Set object containing processed DATA
表达式设置处理的数据对象,其中包含
参数:annotation.package
character specifying the AGI annotation package: 'hgug4112a.db','mgug4122a.db'
字符指定的AGI注解包:“hgug4112a.db,mgug4122a.db
Details
详情----------Details----------
Creates a data.frame: by rows it contains PROBE IDs and by columns contains "ACCNUM","SYMBOL","ENTREZID", "DESCRIPTION","GO.Id" and "GO.Terms" for each probe. Mappings are extracted from the corresponding annotation package. Usually this function is applied to an Expression Set object containing the processed data
创建一个数据框:按行,它包含了探针标识列包含“ACCNUM”,“象征”,“ENTREZID”,“说明”,“GO.Id”和“GO.Terms”每个探针。映射提取相应的注解包。此功能一般应用于表达式设置处理的数据对象,其中包含
值----------Value----------
data.frame
数据框
作者(S)----------Author(s)----------
Pedro Lopez-Romero
参见----------See Also----------
build.eset
build.eset
举例----------Examples----------
## Not run: [#无法运行:]
data(dd)
data(targets)
library(hgug4112a.db)
selSNR=which(dd$genes$ControlType==0)
dd.aux=dd[selSNR,]
index=which(duplicated(dd.aux$genes$ProbeName)==FALSE)
dd.aux=dd.aux[index,]
eset.test=build.eset(dd.aux,targets,makePLOT=FALSE,
annotation.package="hgug4112a.db")
mappings=build.mappings(eset.test,"hgug4112a.db")
names(mappings)
## End(Not run)[#结束(不运行)]
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