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recodeAffySNP(scrime)
recodeAffySNP()所属R语言包：scrime

                                        Recoding of Affymetrix SNP Values
                                         Affymetrix公司的SNP值记录

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Recodes the values used on Affymetrix SNP chips to code the genotypes to other values – required, e.g., by other functions of this package.
重新编码的值上使用Affymetrix公司的SNP芯片进行编码的基因型为其他值 - 需要的，比如，这个包等功能。


用法----------Usage----------


recodeAffySNP(mat, refAA = FALSE, geno = 1:3)



参数----------Arguments----------

参数：mat
a matrix or data frame consisting of the character strings "AA", "AB", "BB". Missing values can be coded by either "NN" or NA. Each row is assumed to correspond to a variable, and each column to a microarray.
矩阵或数据框组成的字符串"AA"，"AB"，"BB"。遗漏值可以被编码的是"NN"或NA。每一行被假定为对应于一个变量，和微阵列的每一列。


参数：refAA
codes "AA" always for the homozygous reference genotype? If TRUE, "AA" is always replaced by geno[1], and "BB" by geno[3]. If FALSE, it is evaluated rowwise whether "AA" or "BB" occurs more often, and the more frequently occuring value is set to geno[1].
代码"AA"总是参考基因型纯合？如果TRUE，"AA" geno[1]，"BB"geno[3]经常更换。如果FALSE，它被评为rowwise是否"AA"或"BB"发生次数多了，更频繁发生的值设置为geno[1]。


参数：geno
a numeric or character vector of length 3 giving the three values that should be used to recode the genotypes. By default, geno = 1:3 which is the coding, e.g., required by rowChisqStats or pamCat.
一个数字或字符的矢量的长度为3，给出了三个值应该被用于重新编码的基因型。默认情况下，geno = 1:3这是编码，例如，rowChisqStats或pamCat。


值----------Value----------

A matrix of the same size as mat containing the recoded genotypes. (Missing values are coded by NA.)
mat包含在重新编码的基因型相同的大小的矩阵。 （遗漏值编码的NA）。


参见----------See Also----------

recodeSNPs, snp2bin
recodeSNPs，snp2bin


实例----------Examples----------


# Generate a sample data set consisting of 10 rows and 12 columns,[生成一个样本由10行和12列组成的数据集，]
# and randomly replace 5 of the values by "NN".[随机更换5的值由“NN”。]

mat <- matrix("", 10, 12)
mat[1:5,] <- sample(c("AA", "AB", "BB"), 60, TRUE,
   prob = c(0.49, 0.42, 0.09))
mat[6:10,] <- sample(c("AA", "AB", "BB"), 60, TRUE,
   prob = c(0.09, 0.42, 0.49))
mat[sample(120, 5)] <- "NN"
mat

# Recode the SNPs.[重新编码的单核苷酸多态性。]

recodeAffySNP(mat)

# Recode the SNPs assuming that "A" is always the major allele.[重新编码的单核苷酸多态性，“A”始终是主要的等位基因。]

recodeAffySNP(mat, refAA = TRUE)



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