R语言 AGDEX包 human.data()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

human.data(AGDEX)
human.data()所属R语言包：AGDEX

                                        Sample ExpressionSet object of human data
                                         人类数据样本ExpressionSet对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

An ExpressionSet object of human data.
一个人的数据ExpressionSet对象。


用法----------Usage----------


data(human.data)



Details

详情----------Details----------

human.data is an ExpressionSet object where exprs slot  carries the human gene expression data and the pData contains the phenotype data.  This sample data human.data is a subset taken from our published study of human brain tumor ependymoma (Johnson et al. 2010). The original full human expression data contains 54,613 probe-sets for 83 human enpendymoma tumors. The gene expression is profiled with Affymetrix U133+2(mRNA) array and the expression data were normalized with MAS 5.0 algorithm.  
human.data是的ExpressionSet其中exprs槽进行的人类基因表达数据和pData所包含的表型数据的对象。这个样本数据human.data是从我们公布的研究人类脑肿瘤室管膜瘤（Johnson等，2010）所采取的一个子集。原来完整的人类基因表达数据包含54613套探针83人类enpendymoma肿瘤。异形与Affymetrix的U133 +2（mRNA）的阵列和基因表达数据进行规范化的MAS 5.0算法的基因表达。

The expr of human.data is a gene expression matrix with rows of probe-sets and columns representing ependymoma tumors which  are classified as belonging to the novel subgroup D or others. Probe-sets in the gene expression matrix are randomly selected  from the full human gene profile such that the selected probe-sets belong to  the gene-sets in gset.data. pData slot of human.data is a data frame  with two columns indicating sample ID and sample group label for each sample(either "human.tumor.typeD" or "other.human.tumors").  
的human.data expr是一个基因的表达与探针组和代表室管膜肿瘤归类为属于新颖的分组D或其他列的行矩阵。探针组中的基因表达矩阵随机选择从选定的探针集属于基因组在gset.data完整的人类基因的文件。 ：PDATA的human.data插槽是与两列表示每个样品的样品ID和组样品标签（是“human.tumor.typeD”或“other.human.tumors”）的数据框。


值----------Value----------


参数：expr(human.data)
A matrix with 246 rows and 83 columns with rows representing probe-sets and cloumns of human sample IDs.   
与246行，并与代表人类的样品ID的探针集和cloumns行83列的矩阵。


参数：pData(human.data)
A data frame with 83 rows and 2 columns. Each row represents one human sample. Column id is the human sample ID and  grp is the assigned sample group label.  
一个83行2列的数据框。每一行代表一个人的样本。列ID是人类的样品编号和GRP分配组样品标签。


参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

ExpressionSet-class
ExpressionSet-级

agdex; mouse.data; map.data; gset.data
agdex;mouse.data;map.data;gset.data


举例----------Examples----------


data(human.data)
human.express.set <- exprs(human.data)
human.pheno.data <- pData(human.data)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。