plotQuant(scapeMCMC)
plotQuant()所属R语言包:scapeMCMC
Plot MCMC Quantiles
图MCMC位数
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plot quantiles of multiple Markov chain Monte Carlo chains, using bars, boxes, or lines.
图位数的多个马尔可夫链蒙特卡罗链,使用条,盒,或线条。
用法----------Usage----------
plotQuant(mcmc, style="boxes", probs=c(0.025,0.975), axes=TRUE,
names=NULL, ylim=NULL, yaxs="i", div=1, log=FALSE, base=10,
main=NULL, xlab=NULL, ylab=NULL, cex.axis=0.8, las=1,
tck=-0.015, tick.number=8, lty.median=1,
lwd.median=1+2*(style!="boxes"), col.median="black",
lty.outer=1+2*(style=="lines"), lwd.outer=1,
col.outer="darkgray", boxfill="darkgray", boxwex=0.7,
mai=c(0.8,1,1,0.6),
mgp=list(bottom=c(2,0.4,0),left=c(3,0.6,0),top=c(0,0.6,0),
right=c(0,0.6,0)), ...)
参数----------Arguments----------
参数:mcmc
MCMC chains as a data frame or mcmc object.
MCMC链为数据框或mcmc对象的。
参数:style
how quantiles should be drawn: "bars", "boxes", or "lines".
如何应制定位数:"bars","boxes"或"lines"。
参数:probs
outer quantiles to draw, a vector of length 2.
外位数的画,向量长度为2。
参数:axes
numeric vector indicating which axis labels should be drawn: 1=bottom, 2=left, 3=top, 4=right, or TRUE to display all (default).
数字矢量轴的标签应当得出:1 =底部,2 =左,3 =顶,4 =右,或TRUE显示(默认)。
参数:names
x-axis labels.
X轴标签。
参数:ylim
y-axis limits.
y轴的限制。
参数:yaxs
y-axis style: "i" to truncate exactly at limits (default) or "r" to extend the axis slightly beyond the limits.
y轴风格:"i"限制(默认)或"r"截断完全,延长轴稍微超越极限。
参数:div
denominator to shorten values on the y axis.
分母,以缩短在y轴上的值。
参数:log
whether values should be log-transformed.
是否值应该是对数转换。
参数:base
logarithm base.
对数的底。
参数:main
main title.
主标题。
参数:xlab
x-axis label.
X轴标签。
参数:ylab
y-axis label.
y轴的标签。
参数:cex.axis
size of tick labels.
大小的刻度标记。
参数:las
orientation of tick labels: 0=parallel, 1=horizontal, 2=perpendicular, 3=vertical.
0 =并行,1 =水平,垂直,2 = 3 =垂直方向的刻度标签:。
参数:tck
tick mark length.
刻度线的长度。
参数:tick.number
number of tick marks.
的刻度数。
参数:lty.median
line type of median.
直线型的中位数。
参数:lwd.median
line width of median.
的中位线宽度。
参数:col.median
color of median.
颜色的中位数。
参数:lty.outer
line type of outer quantiles.
线路类型外位数。
参数:lwd.outer
line width of outer quantiles.
外分位数的线宽度。
参数:col.outer
color of outer quantiles.
外位数的颜色。
参数:boxfill
color of boxes.
颜色的盒子。
参数:boxwex
relative width of boxes.
内盒的相对宽度。
参数:mai
margins around plot as a vector of four numbers (bottom, left, top, right).
图边缘周围的四个数字(下,左,上,右)作为向量。
参数:mgp
margins around axis titles, labels, and lines as a list of four vectors (bottom, left, top, right).
绕轴标题,标签和线下,左,上,右四个矢量()的列表利润。
参数:...
passed to plot, bxp, plotCI, lines, matplot, axis, and title.
传递给plot,bxp,plotCI,lines,matplot,axis,title。
值----------Value----------
List containing: <table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>x</td> <td> midpoint coordinates on the x axis.</td></tr> <tr valign="top"><td>y</td> <td> quantile coordinates on the y axis.</td></tr> </table>
列表,其中包含:<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD>x </ TD> <TD>中点在x轴上的坐标。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> y </ TD> <TD>位数在y轴上的坐标。</ TD> </ TR> </ TABLE>
注意----------Note----------
The Args function from the gdata package is recommended for reviewing the arguments, instead of args.
建议审查的论点,而不是Argsgdata功能args包。
参见----------See Also----------
bxp, plotCI, and matplot are the underlying drawing functions.
bxp,plotCI和matplot是基本的绘图功能。
plotTrace, plotAuto, plotCumu, and plotSplom are diagnostic plots.
plotTrace,plotAuto,plotCumu和plotSplom是诊断图。
plotDens and plotQuant are posterior plots.
plotDens和plotQuant后图。
scapeMCMC-package gives an overview of the package.
scapeMCMC-package给出了一个概述的包。
实例----------Examples----------
plotQuant(xmcmc$B, style="lines", div=1000, xlab="Year",
ylab="Biomass age 4+ (1000 t)")
plotQuant(xmcmc$R, names=substring(names(xmcmc$R),3), div=1000,
xlab="Year", ylab="Recruitment (million one-year-olds)")
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