R语言 scaleboot包 interface()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

interface(scaleboot)
interface()所属R语言包：scaleboot

                                        Interface to External Packages
                                         接口的外部包

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Interface for other packages such as CONSEL (phylogenetic inference), and pvclust (hierarchical clustering)
其他软件包，如CONSEL（系统发育推论），和pvclust接口（分层聚类）


用法----------Usage----------


read.mt(file,tlab="t")

read.ass(file,identity=TRUE,tlab="t",elab="e")

read.cnt(file)


## S3 method for class 'pvclust':
sbfit(x,...)

sbpvclust(x,mbs,k=3,select="average",...)



参数----------Arguments----------

参数：file
character of a file name to be read.
要读取的字符的文件名。


参数：identity
logical. Should the identity association be included?
逻辑。身份关联吗？


参数：tlab
character for basename of tree labels.
树的标签，对于基本特征。


参数：elab
character for basename of edge labels.
对于基本的边缘标签字符。


参数：x
an object of class "pvclust".
对象类"pvclust"。


参数：mbs
an object of class "scalebootv".
对象类"scalebootv"。


参数：k
numeric of k for a AU p-value.
k的AU p值的数字。


参数：select
character of model name (such as "poly.3") or one of "average" and "best".
人物的模型名称（如为“poly.3”）或“平均”和“最佳”。


参数：...
further arguments passed to or from other methods.
进一步的参数传递给其他方法。


Details

详细信息----------Details----------

CONSEL is a program package consisting of small programs written in the C language for assessing the confidence of phylogenetic tree selection. Some functions for interfacing with CONSEL are: read.mt,   read.ass,  and read.cnt for reading, respectively, mt, ass, and cnt format. Once mt file is read, we can calculate improved versions of approximately unbiased p-values by relltestin scaleboot instead of CONSEL.
，CONSEL是一个程序包，由评估系统发育树的选择的信心，在C语言编写的小程序组成的。某些功能接口CONSEL：read.mt，read.ass和read.cnt阅读，分别，mt，ass和cnt格式。一旦mt文件阅读，我们可以计算出近似无偏的P值的改进版本relltestscaleboot，而不是CONSEL。

pvclust is a R package for hierarchical clustering with p-values. Functions for interface to pvclust are: sbfit method for an object of class "pvclust" to convert it to "scalebootv" class, and sbpvclust for writing back the result to a "pvclust" object.
pvclust是一个R封装的p值的层次聚类。接口，pvclust的功能是：sbfit类的一个对象的方法"pvclust"把它转换到"scalebootv"类，和sbpvclust<X写回结果>对象。


值----------Value----------

read.mt returns a matrix of dimension sequence-length by tree-number. If identity=FALSE, then read.ass returns a list containing components x for edge->tree associations and y for tree\toedge associations. If identity=TRUE, read.ass returns a list vector of edge\totree associations, where the identity associations for tree\totree are included. read.cnt returns a list containing components bps, nb, and sa to be used for sbfit. The list also contains components cnt, id, and val.
read.mt返回一个矩阵的维数序列长度的树的数量。如果identity=FALSE，那么read.ass返回一个列表，其中包含组件x的边缘 - >乔木协会和y树\to的边缘协会。如果identity=TRUE，read.ass返回一个列表，矢量的边缘\to树协会，身份的关联树\to树包含。 read.cnt返回一个列表，其中包含组件bps，nb和sa被用于sbfit。名单中还包含组件cnt，id和val。

sbfit.pvclust returns an object of class "scalebootv". sbpvclust returns an object of class "pvclust".
sbfit.pvclust返回一个对象类"scalebootv"。 sbpvclust返回一个对象类"pvclust"。


（作者）----------Author(s)----------


Hidetoshi Shimodaira



参考文献----------References----------

Shimodaira, H. and Hasegawa, M. (2001). CONSEL: for assessing the confidence of phylogenetic tree selection, Bioinformatics, 17, 1246-1247 (software is available from http://www.is.titech.ac.jp/~shimo/prog/consel/).
Suzuki, R. and Shimodaira, H. (2006). pvclust: An R package for hierarchical clustering with p-values, Bioinformatics, 22, 1540-1542 (software is available from CRAN or http://www.is.titech.ac.jp/~shimo/prog/pvclust/).

参见----------See Also----------

relltest
relltest


实例----------Examples----------



## Not run: [＃不运行：]
## reading CONSEL files[＃阅读CONSEL文件]
## sample files are found in mam15 subdirectory[＃示例文件中发现mam15子目录]
## see help(mam15) for details[＃见帮助（mam15）]
mam15.mt <- read.mt("mam15.mt")
mam15.ass <- read.mt("mam15.ass")
mam15.cnt <- read.mt("mam15.cnt")

## End(Not run)[＃（不执行）]

## Not run: [＃不运行：]
## see help(lung73) for details[＃见帮助（lung73）]
data(lung73)
lung73.sb &lt;- sbfit(lung73.pvclust,cluster=cl) # model fitting[模型拟合]
lung73.new &lt;- sbpvclust(lung73.pvclust,lung73.sb) # au &lt;- k.3[欧< -  K.3]

## End(Not run)[＃（不执行）]


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