samr.missrate(samr)
samr.missrate()所属R语言包：samr
Estimate the miss rate table for a SAM analysis
估计命中率表的SAM分析
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Estimates the miss rate table, showing the local false negative rate, for a SAM analysis
估计命中率表，显示当地的假阴性率，一个SAM分析
用法----------Usage----------
samr.missrate(samr.obj, del, delta.table, quant=NULL)
参数----------Arguments----------
参数：samr.obj
Object returned from call to samr
返回的对象调用SAMR
参数：del
Value of delta to define cutoff rule
Delta值来定义截止规则
参数：delta.table
Object returned from call to samr.compute.delta.table
返回的对象从调用samr.compute.delta.table的
参数：quant
Optional vector of quantiles to used in the miss rate calculation
可选的矢量位数的命中率计算
（作者）----------Author(s)----------
Jun Li and Balasubrimanian Narasimhan and Robert Tibshirani
参考文献----------References----------
Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response" PNAS 2001 98: 5116-5121, (Apr 24). http://www-stat.stanford.edu/~tibs/sam
Taylor, J., Tibshirani, R. and Efron. B. (2005). The “Miss rate” for the analysis of gene expression data. Biostatistics 2005 6(1):111-117.
实例----------Examples----------
#generate some example data[产生一些示例数据]
set.seed(100)
x<-matrix(rnorm(1000*20),ncol=20)
dd<-sample(1:1000,size=100)
u<-matrix(2*rnorm(100),ncol=10,nrow=100)
x[dd,11:20]<-x[dd,11:20]+u
y<-c(rep(1,10),rep(2,10))
data=list(x=x,y=y, geneid=as.character(1:nrow(x)),
genenames=paste("g",as.character(1:nrow(x)),sep=""), logged2=TRUE)
samr.obj<-samr(data, resp.type="Two class unpaired", nperms=100)
delta.table<-samr.compute.delta.table(samr.obj)
del<- 0.3
siggenes.table<- samr.compute.siggenes.table(samr.obj, del, data, delta.table)
samr.missrate(samr.obj, del, delta.table)
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发表于 2012-9-29 22:11:45
