R语言 affy包 loess.normalize()函数中文帮助文档(中英文对照)

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loess.normalize(affy)
loess.normalize()所属R语言包：affy

                                        Normalize arrays
                                         标准化阵列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function treats PM and MM as the raw data on each chip. It fits loess curves to MVA plots and tries to normalize the chips with respect to each other by forcing log ratios to be scattered around the same
此功能将每个芯片上的原始数据，PM和MM。它适合黄土曲线MVA的图，并试图迫使log比率大约在同一分散与相互尊重，标准化芯片


用法----------Usage----------


loess.normalize(mat, subset = sample(1dim(mat)[2]), 5000), epsilon
                 = 10^-2, maxit = 1, log.it = TRUE, verbose = TRUE,
                 span = 2/3, family.loess = "symmetric")



参数----------Arguments----------

参数：mat
a matrix with columns containing the values of the chips to normalize.
用含有芯片的值标准化列的矩阵。


参数：subset
a subset of the data to fit a loess to.
适合黄土到的数据的一个子集。


参数：epsilon
small value used for the stopping criterion.
小值用于停止准则。


参数：maxit
maximum number of iterations.
最大迭代次数。


参数：log.it
logical. If TRUE it takes the log2 of mat
逻辑。如果TRUEmat的的log2


参数：verbose
logical. If TRUE displays current pair of chip being worked on.
逻辑。 TRUE如果显示芯片的电流对工作。


参数：span
span to be used by loess.
跨度黄土使用。


参数：family.loess
"gaussian" or "symmetric" as in loess.
"gaussian"或"symmetric"loess。


Details

详情----------Details----------

Experience shows that you only need 1-2 iterations to obtain useful results. This function is not written in an efficient way. In order to make it faster, loess is fit to a sample of the data which we then use to predict the curve for all the data. By setting family.loess="gaussian" the function is faster, but you risk losing information on differentially expressed genes. The function normalize.quantiles is faster.
经验表明，你只需要1-2次迭代，以获得有用的结果。此功能不是写在一个有效的方法。以使其更快，黄土样品的数据，然后，我们使用的所有数据预测曲线是合适的。通过设置family.loess="gaussian"功能是速度更快，但你可能会失去对差异表达的基因信息。功能normalize.quantiles更快。


值----------Value----------

A matrix with normalized values for chips in columns.
一个矩阵列芯片的标准化值。


作者（S）----------Author(s)----------


Rafael A. Irizarry



参见----------See Also----------

normalize.quantiles,
normalize.quantiles

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