R语言 affy包 generateExprVal.method.avgdiff()函数中文帮助文档(中英文对照)

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generateExprVal.method.avgdiff(affy)
generateExprVal.method.avgdiff()所属R语言包：affy

                                        Generate an expression value from the probes informations
                                         从探针的信息生成表达式的值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate an expression from the probes
从探针产生的表达


用法----------Usage----------


generateExprVal.method.avgdiff(probes, ...)
generateExprVal.method.medianpolish(probes, ...)
generateExprVal.method.liwong(probes, ...)
generateExprVal.method.mas(probes, ...)



参数----------Arguments----------

参数：probes
a matrix of probe intensities with rows representing probes and columns representing samples. Usually pm(probeset) where probeset is a of class ProbeSet.
与代表占样本的探针和列的行矩阵探针强度。一般pm(probeset)其中probeset类ProbeSet。


参数：...
extra arguments to pass to the respective function.
额外的参数传递给各自的功能。


值----------Value----------

A list containing entries:
一个包含条目的列表：


参数：exprs
The expression values.
表达式的值。


参数：se.exprs
The standard error estimate.
标准误差估计。


参见----------See Also----------

generateExprSet-methods, generateExprVal.method.playerout, fit.li.wong
generateExprSet-methods，generateExprVal.method.playerout，fit.li.wong


举例----------Examples----------


  data(SpikeIn) ##SpikeIn is a ProbeSets[＃SpikeIn是1 ProbeSets]
  probes <- pm(SpikeIn)
  avgdiff <- generateExprVal.method.avgdiff(probes)
  medianpolish <- generateExprVal.method.medianpolish(probes)
  liwong <- generateExprVal.method.liwong(probes)
  playerout <- generateExprVal.method.playerout(probes)
  mas <- generateExprVal.method.mas(probes)
  
  concentrations <- as.numeric(sampleNames(SpikeIn))
  plot(concentrations,avgdiff$exprs,log="xy",ylim=c(50,10000),pch="a",type="b")
  points(concentrations,2^medianpolish$exprs,pch="m",col=2,type="b",lty=2)
  points(concentrations,liwong$exprs,pch="l",col=3,type="b",lty=3)
  points(concentrations,playerout$exprs,pch="p",col=4,type="b",lty=4)
  points(concentrations,mas$exprs,pch="p",col=4,type="b",lty=4)

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