R语言 affy包 generateExprSet-method()函数中文帮助文档(中英文对照)

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generateExprSet-method(affy)
generateExprSet-method()所属R语言包：affy

                                        generate a set of expression values
                                         产生一组表达式的值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate a set of expression values from the probe pair information. The set of expression is returned as an ExpressionSet object.
生成一组探针对信息的表达值。返回ExpressionSet对象的一套表达。


用法----------Usage----------


  computeExprSet(x, pmcorrect.method, summary.method, ...)

  generateExprSet.methods()

  upDate.generateExprSet.methods(x)



参数----------Arguments----------

参数：x
a AffyBatch holding the probe level informations to generate the expression values, for computeExprSet, and for upDate.generateExprSet.methods it is a character vector..
AffyBatch探针级信息来生成表达式的值，computeExprSet和upDate.generateExprSet.methods的这是一个特征向量......


参数：pmcorrect.method
the method used to correct PM values (see section 'details').
使用纠正PM值（见节“细节”）的方法。


参数：summary.method
the method used to generate the expression value (see section 'details').
所采用的方法来生成表达式的值（见节“细节”）。


参数：...
any of the options of the normalization you would like to modify.
任何标准化的选项，你想修改。


Details

详情----------Details----------

An extra argument ids= can be passed. It must be a vector of affids. The expression values will only be computed and returned for these affyids.
可以通过一个额外的参数ids=。它必须是一个affids向量。表达式的值才会被计算和为这些affyids返回。

The different methods available through this mechanism can be accessed by calling the method generateExprSet.methods with an object of call Cel.container as an argument.
通过这一机制，可用不同的方法可以访问调用方法generateExprSet.methods呼叫Cel.container作为参数的对象。

In the Affymetrix design, MM probes were included to measure the noise (or background signal). The original algorithm for background correction was to subtract the MM signal to the PM signal. The methods currently included in the package are "bg.correct.subtractmm", "bg.correct.pmonly" and "bg.correct.adjust".
在Affymetrix公司设计，MM探针测量噪音（或背景信号）。背景校正的原始算法是下午信号减去MM的信号。目前包中包含的方法是“bg.correct.subtractmm”，“bg.correct.pmonly”和“bg.correct.adjust”。

To alter the available methods for generating ExprSets use upDate.generateExprSet.methods.
要改变用于发电ExprSets使用upDate.generateExprSet.methods可用的方法。


参见----------See Also----------

method generateExprSet of the class AffyBatch<br> expresso
方法generateExprSet类AffyBatch参考expresso


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  ids <- c( "1000_at","1001_at")

  eset <- computeExprSet(Dilution, pmcorrect.method="pmonly",
                         summary.method="avgdiff", ids=ids)
}

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