parseBPMAP(AffyTiling)
parseBPMAP()所属R语言包：AffyTiling
Returns information from a BPMAP file for select probes in an Affymetrix tiling array.
返回从一个选择Affymetrix公司贴砖阵列探针BPMAP文件信息。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
parseBPMAP takes as input the path to an Affymetrix BPMAP file, and data on any genomic intervals of particular interest to the analysis.
parseBPMAP路径作为输入Affymetrix公司BPMAP文件中，数据分析特别感兴趣的任何基因间隔。
Returns a matrix, where rows represent each probe on the tiling array and columns representing the following information: "UniqueID" – A unique ID for each probeset of the form: "Chromosome-Start" (if makeUniqueID == TRUE) "CHR" – Chromosome on which the probe is located "Start" – Genomic position in the BPMAP file "PMX" – X index of the spot on the tiling array "PMY" – Y index of the spot on the tiling array "SEQ" – Sequence of the probe (if readProbeSeq == TRUE) "iID" – The ID of the interval in which this probe is located (if an interval was passed)
返回一个矩阵，行表示每个探针上的瓦片阵列和列代表以下信息：“的UniqueID” - 每个形式probeset的唯一的ID：“染色体启动”（如果== TRUE makeUniqueID）“ ;人权“ - 染色体上的探针位于”开始“ - 基因组的位置在BPMAP文件”PMX“ - X索引切片阵列点”PMY“ - Y的现货指数平铺阵列“跳台” - 探针序列（如果readProbeSeq == TRUE）“IID” - 在这种探针的位置（如果间隔通过）间隔ID
Note that passing a region of interest returns only probes in that genomic region. If no region is specified, information is returned for all probes on the tiling array.
请注意，通过一个区域的利益，只返回在该基因组区域的探针。如果没有指定区域，信息返回平铺阵列上的所有探针。
用法----------Usage----------
parseBPMAP(filename, iID=NULL, iCHR=NULL, iSTART=NULL, iEND=NULL, recordIntervalIDs = FALSE, makeUniqueID = TRUE, readOnlyNCBI = TRUE, seqIndices = NULL, readProbeSeq = TRUE, verbose = 0)
参数----------Arguments----------
参数：filename
The path to the BPMAP file which describes the arrays specified in the cel files.
的BPMAP文件的路径，它描述了在CEL文件中指定的阵列。
参数：iID
Vector of IDs for each interval specified.
矢量标识为每个指定的时间间隔。
参数：iCHR
Vector of chromosomes for each interval.
每个区间的染色体向量。
参数：iSTART
Integer vector of the interval start.
间隔开始的整数向量。
参数：iEND
Integer vector of the interval end.
间隔结束的整数向量。
参数：recordIntervalIDs
If TRUE, returns a column of the interval ID corresponding to each probe. Requires use of interval data.
如果是TRUE，返回一个间隔ID列对应每个探针。需要使用间隔数据。
参数：makeUniqueID
If TRUE (default), returns a column of unique identifiers for each probe, of the form: "chr"-"start"
如果为true（默认），返回列的形式，每个探针的唯一标识符：“字符” - “开始”
参数：readOnlyNCBI
If TRUE (default), returns ONLY probes that target NCBI sequences, TIGR and Affymetrix controls are ignored.
如果为TRUE（默认），只返回目标NCBI的序列，基因组研究所和Affymetrix公司控制的探针被忽略。
参数：seqIndices
If specified, reads only given portions of the BPMAP file (Expert ONLY).
如果指定，读取只的BPMAP文件给予部分（专家）。
参数：readProbeSeq
If TRUE, returns the first 25 bp of the probe sequence.
如果是TRUE，返回探针序列的第25个基点。
参数：verbose
if >= 1, returns varying amounts of output in the R window.
如果> = 1，返回不同的R窗口中的输出量。
作者（S）----------Author(s)----------
Charles Danko
举例----------Examples----------
## Note that executing the following example requires a .bpmap file in the working directory.[＃请注意，执行下面的例子中，需要在工作目录。bpmap文件。]
## If one does not exist, the program will not execute.[＃如果不存在，程序将无法执行。]
## Identify a .bpmap file in the current working directory.[＃确定。bpmap文件在当前工作目录。]
BPMAP <- dir(pattern=".bpmap");
## If one or more .bpmap file are present in the current working directory[＃如果一个或多个。bpmap文件是在当前工作目录]
## returns a list representation of information in the first .bpmap file.[＃返回在第一。bpmap文件的信息列表表示。]
if( NROW(BPMAP) > 0 ) {
parseBPMAP(BPMAP[0]);
}
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 11:24:26
