R语言 AffyTiling包 AssociateWithGenes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AssociateWithGenes(AffyTiling)
AssociateWithGenes()所属R语言包：AffyTiling

                                         Associates a vector of probe positions with the nearest input transcription start site.
                                         联营公司最近输入的转录起始位点的探针位置矢量。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Associates a vector of probes, with known genomic positions, to the nearest transcription start site (TSS).
联营探针矢量，与已知的基因组的位置，最近的转录起始位点（TSS）的。

If argument D is specified, returns ALL genes with a TSS < D bp from pID.  Otherwise, the nearest gene is returned for each probe.
如果D被指定参数，返回一个TSS <&#240;BP PID所有的基因。否则，返回最近的基因是每个探针。

Returns vector composed of the following columns:  ProbeID    &ndash; Unique probe ID. GeneID     &ndash; Gene/ transcript ID. pgDistance &ndash; Distance between ProbeID and GeneID TSS;  Positive values indicate upstream of the TSS. Negative values indicate downstream.
返回向量下列列组成：ProbeID的 - 独特的探针ID。 GeneID  - 基因/转录ID。 pgDistance  - 之间的距离TSS的ProbeID和GeneID的正值表明上游的TSS。负值表明下游。


用法----------Usage----------


AssociateWithGenes(kgID, kgCHR, kgSTR, kgSTART, kgEND, pID, pCHR, pMID, D=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：kgID
Vector of gene IDs, one for each transcription start site.  
向量的基因标识，每个转录起始位点之一。


参数：kgCHR
Vector of gene chromosomes, in the format "chr1", "chr2", ..., "chrX", "chrY".  
向量的基因染色体，在格式“chr1”，“chr2”，...“，chrX”，“chrY”。


参数：kgSTR
Vector of strand: "+" for a gene on the "+1" strand, "-" for the "-1" strand.  
链矢量：“+”基因上的“+1”链“ - ”为“-1”链。


参数：kgSTART
Vector of start positions for each the transcript relative to the chromosome, NOT the start of transcription.  
向量的每个谈话相对的染色体，而不是转录起始的起始位置。


参数：kgEND
  Vector of end positions for each the transcript relative to the chromosome.   
每个染色体相对谈话结束位置的矢量。


参数：pID
  Vector of UniqueIDs for each probe being evaluated.   
每个探针UniqueIDs向量进行评估。


参数：pCHR
  Vector of chromosomes, in the format "chr1", "chr2", ..., "chrX", "chrY".   
向量的染色体，在格式“chr1”，“chr2”，“chrX”，“chrY”。


参数：pMID
  Vector of start positions, one for each of the probes being annotated.   
向量的起始位置，每个注明探针之一。


参数：D
Threshold distance: if specified, returns all genes with a TSS < D bp from pID.  Otherwise the nearest gene is returned for each probe.  
阈值距离：如果指定的话，则返回一个TSS <&#240;BP PID所有基因。最近的基因，否则将返回每个探针。


作者（S）----------Author(s)----------


Charles Danko



举例----------Examples----------


data(KnownGenes)

## Calculate the gene nearest to each probe in Einter data frame.[＃计算基因最接近的每个探针在Einter数据框。]
NearestGenes <- AssociateWithGenes(KG[,1], KG[,2], KG[,3], KG[,4], KG[,5],
    Einter[,1], Einter[,3], (as.integer(Einter[,2])+13))

## Returns all genes within 1 Kb of each probe in Einter.[＃返回1 KB每个探针在Einter内的所有基因。]
## Probes that do not have a gene within 1 Kb are not returned.[＃探针没有在1 KB一个基因都没有回来。]
NearestGenes <- AssociateWithGenes(KG[,1], KG[,2], KG[,3], KG[,4], KG[,5],
    Einter[,1], Einter[,3], (as.integer(Einter[,2])+13), D=1000)

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