AnalyzeTilingCelFiles(AffyTiling)
AnalyzeTilingCelFiles()所属R语言包：AffyTiling
Background correction and RNA normalization for CEL files from an Affymetrix tiling array.
Affymetrix公司贴砖阵列CEL文件的背景校正和RNA标准化。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
AnalyzeTilingCelFiles extracts intensity data from a group of CEL files and returns annotated intensities using information from a BPMAP file. Options can be set to limit the analysis to certain genomic features or regions of interest,thus requiring less memory and computing time.
AnalyzeTilingCelFiles提取从一组CEL文件并返回使用从BPMAP文件的信息注释强度的强度数据。选项可以设置某些基因的功能或区域的利益，因此需要较少的内存和计算时间限制的分析。
By default, preforms background correction, quantile normalization, and log2 transform. This can be disabled by setting ReturnRawIntensities to TRUE, if raw intensity values are desired.
默认情况下，瓶坯背景校正，分位数标准化的log2变换。这可以通过设置ReturnRawIntensities为TRUE，如果需要原始强度值被禁用。
This function returns a matrix, where rows represent probes and columns represent the following values: –Unique probe ID &ndash robe start position (in genomic coordinates) –Chromosome –Sequence –Intensity for sample 1 –Intensity for sample 2 ... –Intensity for sample N
这个函数返回一个矩阵，行表示探针和列表示以下值：独特的探针ID探针的起始位置（在基因组坐标）染色体序列强度样品1样品2强度...强度采样N
用法----------Usage----------
AnalyzeTilingCelFiles(CEL_filenames, BPMAP_filename, outfilename=NULL, iID=NULL, iCHR=NULL, iSTART=NULL, iEND=NULL, makeUniqueID=TRUE, readOnlyNCBI=TRUE, readProbeSeq=FALSE, IgnoreBpmapCelPlatformMismatch=FALSE, ReturnRawIntensities=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：CEL_filenames
A character vector of the path to all CEL file(s) in the analysis.
所有CEL的文件（S）在分析路径的一个特征向量。
参数：BPMAP_filename
The path to the BPMAP file which describes the arrays specified in the cel files.
的BPMAP文件的路径，它描述了在CEL文件中指定的阵列。
参数：outfilename
If specified, the function writes a tab-separated table of normalized intensities.
如果指定了函数写入制表符分隔的表的规范化强度。
参数：iID
Vector of IDs for each interval specified.
矢量标识为每个指定的时间间隔。
参数：iCHR
Vector of chromosomes for each interval.
每个区间的染色体向量。
参数：iSTART
Integer vector of the interval start.
间隔开始的整数向量。
参数：iEND
Integer vector of the interval end.
间隔结束的整数向量。
参数：makeUniqueID
If TRUE (default), returns a column of unique identifiers for each probe, of the form: chr-start.
如果为TRUE（默认），返回唯一标识符列的形式，每个探针：CHR启动。
参数：readOnlyNCBI
If TRUE (default), returns ONLY probes that target NCBI sequences, TIGR and Affymetrix controls are ignored.
如果为TRUE（默认），只返回目标NCBI的序列，基因组研究所和Affymetrix公司控制的探针被忽略。
参数：readProbeSeq
If TRUE, returns the first 25 bp of the probe sequence.
如果是TRUE，返回探针序列的第25个基点。
参数：IgnoreBpmapCelPlatformMismatch
If TRUE, ignores a mismatch between BPMAP and CEL platforms. (EXPERT ONLY!)
如果是TRUE，忽略了BPMAP和CEL平台之间的不匹配。 （仅限高手！）
参数：ReturnRawIntensities
If TRUE, returns raw intensity values associated with the specified regions. Otherwise (default) preforms RMA-like processing of data using the affy package. Processing includes background correction, quantile normalization, and a log-2 transform.
如果是TRUE，则返回与特定区域相关的原始强度值。否则（默认）瓶坯的RMA像使用affy包数据处理。处理包括背景校正，分位数标准化，并记录2变换。
作者（S）----------Author(s)----------
Charles Danko
举例----------Examples----------
## Note that executing the following example requires .bpmap and .cel files in the working directory.[＃注意，需要执行下面的例子。bpmap。CEL文件在工作目录。]
## If these files do not, the program will not execute.[＃如果这些文件不这样做，程序将不会执行。]
## Get the file names in the current working directory.[＃获取当前的工作目录中的文件名。]
CEL_NAMES <- dir(pattern=".CEL|.cel");
BPMAP <- dir(pattern=".bpmap");
## If files are found in the current working directory ... start the analysis!![＃如果文件被发现在当前工作目录...开始分析！]
if( (NROW(CEL_NAMES) > 0) & (NROW(BPMAP) > 0) ) {
AnalyzeTilingCelFiles(CEL_NAMES, BPMAP, outfilename="NormalizedData.tsv");
}
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 11:23:45
