R语言 affyPLM包 preprocess()函数中文帮助文档(中英文对照)

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preprocess(affyPLM)
preprocess()所属R语言包：affyPLM

                                        Background correct and Normalize
                                         背景纠正和规范化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function pre-processes an AffyBatch.
此功能前处理AffyBatch。


用法----------Usage----------


preprocess(object, subset=NULL, normalize=TRUE, background=TRUE,
           background.method="RMA.2", normalize.method="quantile",
           background.param=list(), normalize.param=list(),
           verbosity.level=0)



参数----------Arguments----------

参数：object
an AffyBatch
AffyBatch


参数：subset
a vector with the names of probesets to be used. If NULL then all probesets are used.
要使用的名称probesets向量。如果为NULL，然后所有probesets是使用。


参数：normalize
logical value. If TRUE normalize data using quantile normalization
逻辑值。如果TRUE标准化使用分量标准化的数据


参数：background
logical value. If TRUE background correct using RMA background correction
逻辑值。如果TRUE背景下正确使用RMA背景校正


参数：background.method
name of background method to use.
背景法的名称使用。


参数：normalize.method
name of normalization method to use.
归一化方法的名称使用。


参数：background.param
list of parameters for background correction methods
背景校正方法的参数列表


参数：normalize.param
list of parameters for normalization methods
标准化方法的参数列表


参数：verbosity.level
An integer specifying how much to print out. Higher values indicate more verbose. A value of 0 will print nothing
一个整数，指定多少打印出来。值越高，表明更详细的。值0将打印什么


Details

详情----------Details----------

This function carries out background correction and normalization pre-processing steps. It does not summarize to produce gene expression measures. All the same pre-processing methods supplied by threestep are supported by this function.
此功能进行背景校正和标准化前处理步骤。它不总结，产生基因表达的措施。所有提供的处理threestep的预相同的方法都支持这个功能。


值----------Value----------

An AffyBatch
AffyBatch


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参考文献----------References----------

Oligonucleotide Array Data: Background, Normalization and

参见----------See Also----------

expresso, rma
expresso，rma


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  # should be equivalent to the bg and norm of rma()[应该相当于bg和RMA规范（）]
  abatch.preprocessed <- preprocess(Dilution)
}

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