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R语言 affyPLM包 normalize.scaling()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 11:22:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
normalize.scaling(affyPLM)
normalize.scaling()所属R语言包:affyPLM

                                        Scaling normalization
                                         缩放标准化

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Allows the user to apply scaling normalization.
允许用户申请比例标准化。


用法----------Usage----------


normalize.scaling(X,trim=0.02, baseline=-1, log.scalefactors=FALSE)
normalize.AffyBatch.scaling(abatch,
    type=c("together","pmonly","mmonly","separate"),
    trim=0.02, baseline=-1, log.scalefactors=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数:X
A matrix. The columns of which are to be normalized.
矩阵。其中被归列。


参数:abatch
An AffyBatch
AffyBatch


参数:type
A parameter controlling how normalization is applied to the Affybatch.
参数控制如何标准化的Affybatch应用。


参数:trim
How much to trim from the top and bottom before computing the mean when using the scaling normalization.
多少修剪计算平均使用缩放标准化时前,从顶部和底部。


参数:baseline
Index of array to use as baseline, negative values (-1,-2,-3,-4) control different baseline selection methods.
数组索引使用为基准,负值(-1,-2,-3,-4)控制不同的基线选择方法。


参数:log.scalefactors
Compute the scale factors based on log2 transformed data.
计算log2变换后的数据为基础的规模因素。


Details

详情----------Details----------

These function carries out scaling normalization of expression values.
这些功能进行缩放表达式的值标准化。


值----------Value----------

A normalized ExpressionSet.
一个规范化的ExpressionSet。


作者(S)----------Author(s)----------


Ben Bolstad, <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参见----------See Also----------

normalize
normalize


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)
  normalize.AffyBatch.scaling(Dilution)
}

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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