normalize.scaling(affyPLM)
normalize.scaling()所属R语言包:affyPLM
Scaling normalization
缩放标准化
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Allows the user to apply scaling normalization.
允许用户申请比例标准化。
用法----------Usage----------
normalize.scaling(X,trim=0.02, baseline=-1, log.scalefactors=FALSE)
normalize.AffyBatch.scaling(abatch,
type=c("together","pmonly","mmonly","separate"),
trim=0.02, baseline=-1, log.scalefactors=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数:X
A matrix. The columns of which are to be normalized.
矩阵。其中被归列。
参数:abatch
An AffyBatch
AffyBatch
参数:type
A parameter controlling how normalization is applied to the Affybatch.
参数控制如何标准化的Affybatch应用。
参数:trim
How much to trim from the top and bottom before computing the mean when using the scaling normalization.
多少修剪计算平均使用缩放标准化时前,从顶部和底部。
参数:baseline
Index of array to use as baseline, negative values (-1,-2,-3,-4) control different baseline selection methods.
数组索引使用为基准,负值(-1,-2,-3,-4)控制不同的基线选择方法。
参数:log.scalefactors
Compute the scale factors based on log2 transformed data.
计算log2变换后的数据为基础的规模因素。
Details
详情----------Details----------
These function carries out scaling normalization of expression values.
这些功能进行缩放表达式的值标准化。
值----------Value----------
A normalized ExpressionSet.
一个规范化的ExpressionSet。
作者(S)----------Author(s)----------
Ben Bolstad, <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>
参见----------See Also----------
normalize
normalize
举例----------Examples----------
if (require(affydata)) {
data(Dilution)
normalize.AffyBatch.scaling(Dilution)
}
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注:
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