R语言 affyPLM包 normalize.quantiles.probeset()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalize.quantiles.probeset(affyPLM)
normalize.quantiles.probeset()所属R语言包：affyPLM

                                        Quantile Normalization applied to probesets
                                         位数的规范化应用到probesets

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Using a normalization based upon quantiles, this function normalizes a matrix of probe level intensities.
此功能使用后位数为基础的标准化，规范化矩阵探针水平强度。


用法----------Usage----------


  normalize.AffyBatch.quantiles.probeset(abatch,type=c("separate","pmonly","mmonly","together"),use.median=FALSE,use.log=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：abatch
An AffyBatch
AffyBatch


参数：type
how should MM and PM values be handled
MM和PM值应如何处理


参数：use.median
use median rather than mean
使用中位数，而不是意味着


参数：use.log
take logarithms, then normalize
取对数，然后标准化


Details

详情----------Details----------

This function applies the quantile method in a probeset specific manner.
此功能适用于中位数probeset具体方式方法。

In particular a probeset summary is normalized using the quantile method and then the probes adjusted accordingly.
特别是probeset总结归使用的分量的方法，然后进行相应的调整探针。


值----------Value----------

A normalized AffyBatch.
一个规范化的AffyBatch。


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad, <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参考文献----------References----------

Oligonucleotide Array Data. Unpublished manuscript http://oz.berkeley.edu/~bolstad/stuff/qnorm.pdf
A Comparison of Normalization Methods for High Density Oligonucleotide Array Data Based on Bias and Variance. Bioinformatics 19(2) ,pp 185-193. http://www.stat.berkeley.edu/~bolstad/normalize/normalize.html

参见----------See Also----------

normalize, normalize.quantiles
normalize，normalize.quantiles

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