R语言 affypdnn包 pdnn.params.chiptype()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pdnn.params.chiptype(affypdnn)
pdnn.params.chiptype()所属R语言包：affypdnn

                                         A function to fit PDNN parameters
                                         适合PDNN参数的函数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to fit PDNN parameters that are chip-type specific
适合PDNN参数芯片类型的特定函数


用法----------Usage----------


pdnn.params.chiptype(energy.param.file, probes.file = NULL, probes.pack= NULL,
                     probes.data.frame = NULL,
                     seq.name, x.name, y.name, affyid.name, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：energy.param.file
Path to the energy data file (see details)  
能源数据文件的路径（见详情）


参数：probes.file
Path to the probe files (see details)  
探针文件的路径（见详情）


参数：probes.pack
Name of the probe pack (see details)  
探针的包的名称（见详情）


参数：probes.data.frame
A data.frame
一个data.frame


参数：seq.name, x.name, y.name, affyid.name
The names of the columns in the data.frame from probes.pack or probes.file for the probe sequences, the X positions, the Y positions and the probe set ID respectively
probes.pack或probes.file分别为探针序列的X位置，Y位置和探针组ID在数据框列的名称


参数：verbose
verbosity (TRUE or FALSE)  
冗长（TRUE或FALSE）


Details

详情----------Details----------

The parameters probes.file, probes.pack and probes.data.frame are mutually exclusive. The function fits PDNN parameters that are specific to chip-types (hence specific to the probe sequences). It requires data files like the one found on Li Zhang's web page: (http://odin.mdacc.tmc.edu/~zhangli/PerfectMatch/) This should be computed once for all for a given chip type. Computed values for the chips are included in the package. This allows 'automagic' use of them when these chips types are used (as done in the function expressopdnn).
参数probes.file，probes.pack和probes.data.frame是相互排斥的。函数适合PDNN参数，具体芯片类型（因此具体的探针序列）。它需要像张黎的网页上找到了一个数据文件：（http://odin.mdacc.tmc.edu/~掌力/ PerfectMatch /），这应该是一次计算一个给定的芯片类型。包中包含的芯片的计算值。这使得“自动的使用它们时，这些芯片类型（在函数完成expressopdnn）。


值----------Value----------

A list of:
一个列表：


参数：Eg
environment. One entry per dinucleotide.
环境。每一个条目核苷酸。


参数：Wg
numerical vector
数值向量


参数：En
environment. One entry per dinucleotide.
环境。每一个条目核苷酸。


参数：Wn
numerical vector
数值向量


参数：params.gene
environment. One entry per gene, each entry is is a list of elements Sg, Sn, xy  and gene.i
环境。每个基因的一个条目，每个条目是一个SG元素，锡，XY和gene.i列表


警告----------warning----------

The X and Y positions in the data.frame are expected to be original ones in the Affymetrix files (starting at zero. They are offset by one within
X和Y位置data.frame预计将在原有的Affymetrix公司的文件（从零开始。他们所抵消内的一个


参见----------See Also----------

find.params.pdnn
find.params.pdnn


举例----------Examples----------


if (interactive()) {
  energy.file <- system.file("exampleData", "pdnn-energy-parameter_hg-u95av2.txt", package="affypdnn")

  params.chiptype <- pdnn.params.chiptype(energy.file, probes.pack="hgu95av2probe")
}


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注：
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