R语言 affyPara包 vsnPara()函数中文帮助文档(中英文对照)

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vsnPara(affyPara)
vsnPara()所属R语言包：affyPara

                                        Parallel fir of the vsn model
                                         VSN模型的并行FIR

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These parallel functions fit the vsn model to intensity data in an AffyBatch.  They hav the same functionality than the vsn methods in the vsn package but are implemented in parallel (and only supports an AffyBatch as input data).
这些并行的功能适合VSN模型强度在AffyBatch数据。他们甲肝相同的比vsn包VSN方法的功能，但并行执行（只支持AffyBatch作为输入数据）。


用法----------Usage----------


vsn2Para(object, cluster,
        phenoData = new("AnnotatedDataFrame"), cdfname = NULL,
        reference, subsample,
        ...,
        verbose = getOption("verbose"))

justvsnPara(object, cluster,
                ...,
                verbose = getOption("verbose"))
       
vsnrmaPara(object, cluster,
        pmcorrect.method="pmonly", pmcorrect.param=list(),
        summary.method="medianpolish", summary.param=list(),
        ids=NULL,
        phenoData = new("AnnotatedDataFrame"), cdfname = NULL,
        ...,
        verbose = getOption("verbose"))  



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class AffyBatch  OR a character vector with the names of CEL files  OR a (partitioned) list of character vectors with CEL file names.
对象类AffyBatch或CEL文件的名称或一个characterCEL文件名向量（分区）列表character向量。


参数：phenoData
An AnnotatedDataFrame object.  
AnnotatedDataFrame对象。


参数：cdfname
Used to specify the name of an alternative cdf package. If set to NULL,  the usual cdf package based on Affymetrix' mappings will be used.  
用于指定替代的CDF包的名称。如果设置为NULL，通常CDF包将用于基于Affymetrix公司的映射。


参数：subsample
Integer of length 1. If specified, the model parameters are estimated from a subsample of the data of size subsample only, yet the fitted transformation is then applied to all data. For large datasets, this can substantially reduce the CPU time and memory consumption at a negligible loss of precision.
长度为1的整数。如果指定，从一个子样本大小的数据模型参数估计subsample，但装改造，然后应用到所有的数据。对于大型数据集，这样可以大大减少CPU时间和内存消耗可以忽略不计的精度损失。


参数：reference
Optional, a vsn object from a previous fit. If this argument is specified, the data are normalized "towards" an existing set of reference arrays whose parameters are stored in the object reference. If this argument is not specified, then the data are normalized "among themselves".
可选的，一个vsn对象从以前的契合。如果指定了此参数，数据标准化“走向”参考阵列的参数存储对象reference在现有的一套。如果未指定此参数，然后将数据归一“彼此”。


参数：...
Further arguments that get passed and are similar to vsn2.
获得通过，并进一步的论据是类似vsn2。


参数：cluster
A cluster object obtained from the function makeCluster in the SNOW package.  For default .affyParaInternalEnv$cl will be used.  
在雪包的功能makeCluster获得聚类对象。 默认.affyParaInternalEnv$cl将使用。


参数：verbose
A logical value. If TRUE it writes out some messages. default: getOption("verbose")   
一个逻辑值。如果TRUE写了一些消息。默认：getOption（“冗长”）


参数：pmcorrect.method
The name of the PM adjustement method.  
下午调控对策方法的名称。


参数：pmcorrect.param
A list of parameters for pmcorrect.method (if needed/wanted).  
一个pmcorrect.method（如果需要/想要）的参数列表。


参数：summary.method
The method used for the computation of expression values  
用于计算表达式的值的方法


参数：summary.param
A list of parameters to be passed to the summary.method (if wanted).  
summary.method（如果想）要传递给一个参数列表。


参数：ids
List of ids for summarization  
为总结ids名单


Details

详情----------Details----------

For the serial function and more details see the function vsn2.
对于串行功能和更多的细节，请参阅功能vsn2。

For using this function a computer cluster using the SNOW package has to be started.  Starting the cluster with the command makeCluster generates an cluster object in the affyPara environment (.affyParaInternalEnv) and  no cluster object in the global environment. The cluster object in the affyPara environment will be used as default cluster object,  therefore no more cluster object handling is required.   The makeXXXcluster functions from the package SNOW can be used to create an cluster object in the global environment and  to use it for the preprocessing functions.
要开始使用此功能的计算机聚类使用雪包。启动命令makeCluster聚类产生的affyPara环境（。affyParaInternalEnv）的，并没有在全球环境中的聚类对象的聚类对象。默认聚类对象将被用作聚类对象在affyPara环境，因此没有更多的聚类对象的处理需要。 makeXXXcluster从包雪功能，可用于创建一个在全球环境中的聚类对象和使用它的预处理功能。


值----------Value----------

An AffyBatch of normalized objects.
规范化对象AffyBatch。


作者（S）----------Author(s)----------


Markus Schmidberger <a href="mailto:schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de">schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de</a>, Ulrich Mansmann <a href="mailto:mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de">mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(affyPara)
if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  makeCluster(3)

  AB1 <- justvsnPara(Dilution, verbose=verbose )

  stopCluster()
}

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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