R语言 affyPara包 preproPara()函数中文帮助文档(中英文对照)

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preproPara(affyPara)
preproPara()所属R语言包：affyPara

                                         Parallelized preprocessing
                                         并行预处理

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Parallelized preprocessing function, which goes from raw probe intensities to expression values in three steps: Background correction, normalization and summarization
并行预处理功能，从原材料探针强度表达值在三个步骤：背景校正，规范化和总结


用法----------Usage----------


preproPara(object, cluster,
    bgcorrect = TRUE, bgcorrect.method = NULL, bgcorrect.param = list(),
    normalize = TRUE, normalize.method = NULL, normalize.param = list(),
    pmcorrect.method = NULL, pmcorrect.param = list(),
    summary.method = NULL, summary.param = list(),
    ids = NULL,phenoData = new("AnnotatedDataFrame"), cdfname = NULL,
    verbose = getOption("verbose"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class AffyBatch  OR a character vector with the names of CEL files  OR a (partitioned) list of character vectors with CEL file names.
对象类AffyBatch或CEL文件的名称或一个characterCEL文件名向量（分区）列表character向量。


参数：bgcorrect
A boolean to express whether background correction is wanted or not.  
一个布尔值，表示是否被通缉或没有背景校正。


参数：bgcorrect.method
The name of the background adjustment method to use.  
使用的背景下调整方法的名称。


参数：bgcorrect.param
A list of parameters for bgcorrect.method (if needed/wanted)  
一个bgcorrect.method（如果需要/想要）的参数列表


参数：normalize
A boolean to express whether normalization is wanted or not.  
一个布尔值，表示是否被通缉或不标准化。


参数：normalize.method
The name of the normalization method to use.  
标准化的方法来使用的名称。


参数：normalize.param
A list of parameters to be passed to the normalization method (if wanted).  
一个参数列表被传递到标准化的方法（如果想）。


参数：pmcorrect.method
The name of the PM adjustment method.  
下午调整方法的名称。


参数：pmcorrect.param
A list of parameters for pmcorrect.method (if needed/wanted).  
一个pmcorrect.method（如果需要/想要）的参数列表。


参数：summary.method
The method used for the computation of expression values.  
该方法用于计算表达式的值。


参数：summary.param
A list of parameters to be passed to the summary.method (if wanted).  
summary.method（如果想）要传递给一个参数列表。


参数：ids
List of ids for summarization  
为总结ids名单


参数：phenoData
An AnnotatedDataFrame object.  
AnnotatedDataFrame对象。


参数：cdfname
Used to specify the name of an alternative cdf package. If set to NULL,  the usual cdf package based on Affymetrix' mappings will be used.  
用于指定替代的CDF包的名称。如果设置为NULL，通常CDF包将用于基于Affymetrix公司的映射。


参数：cluster
A cluster object obtained from the function makeCluster in the SNOW package.  For default .affyParaInternalEnv$cl will be used.  
在雪包的功能makeCluster获得聚类对象。 默认.affyParaInternalEnv$cl将使用。


参数：verbose
A logical value. If TRUE it writes out some messages. default: getOption("verbose")  
一个逻辑值。如果TRUE写了一些消息。默认：getOption（“冗长”）


参数：...
Further arguments that get passed to the affyBatch creation process.  
进一步得到的affyBatch创建过程中传递给参数。


Details

详情----------Details----------

Parallelized preprocessing function, which goes from raw probe intensities to expression values in three steps:  Background correction, normalization and summarization
并行预处理功能，从原材料探针强度表达值在三个步骤：背景校正，规范化和总结

For the serial function and more details see the function expresso.
对于串行功能和更多的细节，请参阅功能expresso。

For using this function a computer cluster using the SNOW package has to be started.  Starting the cluster with the command makeCluster generates an cluster object in the affyPara environment (.affyParaInternalEnv) and  no cluster object in the global environment. The cluster object in the affyPara environment will be used as default cluster object,  therefore no more cluster object handling is required.   The makeXXXcluster functions from the package SNOW can be used to create an cluster object in the global environment and  to use it for the preprocessing functions.
要开始使用此功能的计算机聚类使用雪包。启动命令makeCluster聚类产生的affyPara环境（。affyParaInternalEnv）的，并没有在全球环境中的聚类对象的聚类对象。默认聚类对象将被用作聚类对象在affyPara环境，因此没有更多的聚类对象的处理需要。 makeXXXcluster从包雪功能，可用于创建一个在全球环境中的聚类对象和使用它的预处理功能。

Available methods:
可用的方法：




bgcorrect.method: see bgcorrect.methods()
bgcorrect.method：看到bgcorrect.methods()




normalize.method: 'quantil', 'constant', 'invariantset','loess'
normalize.method：quantil，常量，invariantset“，”黄土“




summary.method: see generateExprSet.methods() and 'none'.
summary.method：看到generateExprSet.methods()和无。


值----------Value----------

An object of class ExpressionSet.
对象类ExpressionSet。


作者（S）----------Author(s)----------


Markus Schmidberger <a href="mailto:schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de">schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de</a>, Ulrich Mansmann <a href="mailto:mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de">mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(affyPara)
if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  makeCluster(3)

  esset <- preproPara(Dilution,
    bgcorrect = TRUE, bgcorrect.method = "rma",
    normalize = TRUE, normalize.method = "quantiles",
    pmcorrect.method = "pmonly",
    summary.method = "avgdiff",
    verbose = TRUE)
   
  stopCluster()
}

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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