R语言 affycoretools包 probes2tableBM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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probes2tableBM(affycoretools)
probes2tableBM()所属R语言包：affycoretools

                                         Convert Affy Probe ids to Annotated HTML Table using biomaRt
                                         使用biomaRt转换Affy探讨IDS HTML表说明

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to convert a vector of Affy ids to an annotated HTML or text table. This function is very similar to probes2table, except it uses the biomaRt package to annotate genes, and the annotate package to create the HTML table.
函数转换注明HTML或文本表的Affy IDS向量。此功能是非常相似的probes2table，除非它使用biomaRt包注释基因，annotate包创建HTML表。


用法----------Usage----------


probes2tableBM(eset, probids, species, filename, otherdata = NULL,
links = linksBM()[1:3], otherann = annBM()[1:3], ann.source = "entrezgene",
express = TRUE, html = TRUE, text = TRUE, affyid = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：eset
An ExpressionSet containing Affy expression values.
一个ExpressionSet含Affy表达式的值。


参数：probids
A vector of probe ids.  
一个探针IDS的向量。


参数：species
The species name. This must be in a particular format for biomaRt. An example for human is "hsapiens" or for mouse is "mmusculus".
物种的名称。这必须是在一个特定的格式为biomaRt。为人类的一个例子是“hsapiens”或鼠标“mmusculus”。


参数：filename
File name of the resulting HTML table.
生成的HTML表的文件名。


参数：otherdata
A *named* list of additional information to include in the resulting table. Examples would be t-statistics, p-values, fold change, etc. Each list item should be a vector the same length as the probids vector. The name associated with each list item will be used as the column name in the resulting table.
*名为*额外的信息列表，包括在结果表。例子是t-统计量的p值，倍数变化等，每个列表项应该是一个向量作为probids向量的长度相同。每个列表项相关联的名称将被用作结果表中的列名。


参数：links
A character vector of things to annotate with hyperlinks to online databases. See linksBM for possible values.
一个事物的特征向量与网上数据库的超链接注释。看到linksBM可能的值。


参数：otherann
A character vector of things to annotate with text only (i.e., no hyperlinks). See annBM for possible values.
的东西，只用文字注释的特征向量（即，没有超链接）。看到annBM可能的值。


参数：ann.source
The annotation source of the IDs that will be used to annotate the genes. The default value is "entrezgene". See details for other possibilities.
的，将被用来注释基因标识标注来源。默认值是“entrezgene”。详情请参阅其他的可能性。


参数：express
Output expression values in table? Defaults to TRUE.  
表中的输出表达式的值？ TRUE默认。


参数：html
Boolean. Output HTML table? Defaults to TRUE
布尔值。输出HTML表？ TRUE默认


参数：text
Boolean. Output text table? Defaults to TRUE
布尔值。输出文本表？ TRUE默认


参数：affyid
Boolean. Are the IDs used to annotate these data Affymetrix IDs?
布尔值。用来注释这些数据Affymetrix公司标识的ID吗？


Details

详情----------Details----------

This function is designed to output HTML tables based on a set of IDs. This function currently only supports Affymetrix data. It is designed for Affymetrix chips that don't have an annotation package, which includes data that have been analyzed using the 're-mapped' CDFs supplied to BioC by MBNI at University of Michigan.
此功能设计的输出ID集的基础上的HTML表格。此功能目前仅支持Affymetrix数据。它是专为Affymetrix公司的芯片，没有一个注解包，其中包括已使用提供，由MBNI到BioC在密歇根大学的“重映射”CDFS分析数据。

The IDs that will be used to annotate the genes depend on the source of the data. If, for example, one is using an Affymetrix chip that doesn't have a BioC annotation package, then the IDs will be Affymetrix IDs. To find out the correct name to use for the ann.source argument, one can create a connection to a Biomart database using useMart and then get a list of available Affy arrays using listFilters.
将用来注释基因的ID取决于数据源。例如，如果使用Affymetrix公司的芯片，没有BioC的注解包，然后ID将是Affymetrix公司的ID。找出正确的名称，使用为ann.source参数，可以创建一个连接到Biomart数据库使用useMart，然后得到一个可用Affy阵列列表，使用listFilters。

If one is using one of the re-mapped CDFs from MBNI at University of Michigan, then the IDs to use depend on the mapping used to create the CDF. At this time, only three types of CDFs can be used; EntrezGene, UniGene, and RefSeq. One can determine the correct ann.source argument by creating a connection to a Biomart database, and then calling linksBM(mart, linksBM())[[3]].
如果一个人在密歇根大学从MBNI使用重新映射CDFS之一，然后标识使用取决于用于创建的CDF映射。在这个时候，只有三个类型CDFS可以使用; EntrezGene，UniGene的，和的RefSeq。一个由创建一个到Biomart数据库的连接，可以判断正确ann.source参数，然后调用linksBM(mart, linksBM())[[3]]。


值----------Value----------

This function is only used for the side effect of outputting an HTML table.
此功能仅用于输出一个HTML表的副作用。


作者（S）----------Author(s)----------


James W. MacDonald <jmacdon@med.umich.edu>



参见----------See Also----------

topTable
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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