R语言 affyContam包 setRectRegion()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

setRectRegion(affyContam)
setRectRegion()所属R语言包：affyContam

                                        set a rectangular or circular region in an affybatch to a
                                         长方形或圆形区域在affybatch设置一个

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

set a rectangular or circular region in an affybatch to a
长方形或圆形区域在affybatch设置一个


用法----------Usage----------


setRectRegion(x, chip=1, xinds=251:350, yinds=251:350, vals=10, valgen=NULL)
setCircRegion(x, chip=1, center=c(350,350), rad=100, vals=10, valgen=NULL)
getRectRegion(x, chip=1, xinds=251:350, yinds=251:350)
getCircRegion(x, chip=1, center=c(350,350), rad=100)



参数----------Arguments----------

参数：x
AffyBatch instance  
AffyBatch实例


参数：chip
sample index  
样本指数


参数：xinds
x coordinates to be contaminated  
X坐标被污染


参数：yinds
y coordinates to be contaminated  
y坐标被污染


参数：vals
values to be assigned to rectangle elements  
被分配到矩形元素的值


参数：center
geometric center of circle to be altered  
被改变的圆的几何中心


参数：rad
radius of circle to be altered, in xy units of the chip addressing system used by xy2indices in the cdf package
圆的半径改变，XY单位在CDF包由xy2indices使用的系统芯片解决


参数：valgen
function of parameter n that generates n values to be inserted in the altered region  
功能参数n，生成n插入的值要改变区域


值----------Value----------

set* functions return AffyBatch instance with intensities modified as requested
设置与修改的要求，强度*函数返回AffyBatch实例

get* functions return numeric vectors of intensities as requested.
*函数返回数值向量强度的要求。


作者（S）----------Author(s)----------


Vince Carey <stvjc@channing.harvard.edu>



举例----------Examples----------


library(affydata)
data(Dilution)
opar = par(no.readonly=TRUE)
par(mfrow=c(2,2))
hist(Dilution, main="original")
image(Dilution[,1], main="original")
#[]
# we will contaminate in two ways: thin line at fixed low intensity, and [我们会污染两种方式：在固定的低强度的细线，]
# circular blob at moderate random intensity[在适度的随机强度的循环BLOB]
#[]
ab = setRectRegion(Dilution, 1, xinds=25:30, yinds=1:620,
  vals=10)
ab = setCircRegion(ab, 1, valgen=function(n){
   rnorm(n, 350,50)})
hist(ab, main="chip 1 contaminated by normal")
image(ab[,1], main="chip 1 contaminated")
ex = getCircRegion(Dilution, 1)
length(ex)
ab = setCircRegion(Dilution, 1, vals=pmin(2*ex,65535))
image(ab[,1], main="chip 1 contaminated by doubling")
par(opar)

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