R语言 affycomp包 affycompTable()函数中文帮助文档(中英文对照)

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affycompTable(affycomp)
affycompTable()所属R语言包：affycomp

                                        Expression Assessment Table
                                         表现评估表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions take as an argument the output of the assessment functions.
这些功能需要作为一个参数评估功能的输出。


用法----------Usage----------


affycompTable(...,Table=NULL,assessment.list=NULL,method.names=NULL)

tableAll(...,assessment.list=NULL,method.names=NULL)

tableDilution(l, method.names=NULL)

tableFC(l, method.names=NULL)

tableFC2(l, method.names=NULL)

tableSignal(l, method.names=NULL)

tableLS(l, method.names=NULL)

tableSpikeInSD(l, method.names=NULL)

tableMA2(l, method.names=NULL)

tableOverallSNR(...,assessment.list=NULL,method.names=NULL,ngenes=12626)

tableRanks(...,assessment.list=NULL,method.names=NULL,ngenes=12626,rank=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：...
lists produced by the assessment functions
评估职能的名单


参数：Table
If TableAll was used one can send it through this argument
如果TableAll使用，可以通过此参数发送


参数：assessment.list
Alternatively, one can also send a list of lists produced by tableAll.
另外，还可以发送由tableAll产生的名单列表。


参数：method.names
A character vector with the names of the epxression measure methodology.
与特征向量的epxression措施方法的名称。


参数：l
list of assessments.
列表的评估。


参数：rank
if TRUE tableRanks will present ranks instead of local slopes.
如果TRUEtableRanks将呈现行列，而不是当地的斜坡。


参数：ngenes
when computing ranks, out of how many genes should we do it?
当计算的行列，出多少基因，我们应该做？


Details

详情----------Details----------

Read the vignette for more details on what the entries of the table are. affycompTable has a few entries per graph. tableAll has more entries. Once an assessment is used this function knows what to do. You can call any of the assessment functions described in assessSpikeIn, assessDilution, assessSD, assessLS, assessMA2, and assessSpikeInSD.
阅读更多细节表的条目是什么小插曲。 affycompTable每图有几个条目。 tableAll有更多的项目。一旦被用来评估此功能知道该怎么做。你可以调用在assessSpikeIn所述的评估职能，assessDilution，assessSD，assessLS，assessMA2，assessSpikeInSD。

Note tableRanks and tableOverallSNR work on the results from assessSpikeIn2.
注意tableRanks和tableOverallSNR结果assessSpikeIn2工作。


值----------Value----------

A matrix. One column per each method and one row for each comparison. tableOverallSNR is an exception. Where rows represnt methods.
矩阵。每列每个方法和每个比较一行。 tableOverallSNR是一个例外。行represnt方法。


作者（S）----------Author(s)----------


Rafael A. Irizarry



举例----------Examples----------


library(affycompData)
data(rma.assessment) ##this was produced with affycomp.assess[＃这是与affycomp.assess生产]
data(mas5.assessment) ##this one too[＃这也]
tmp <- affycompTable(mas5.assessment,rma.assessment)
format(tmp,digit=2)

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