R语言 affycomp包 affycomp.figures.auxiliary()函数中文帮助文档(中英文对照)

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affycomp.figures.auxiliary(affycomp)
affycomp.figures.auxiliary()所属R语言包：affycomp

                                        Auxiliary functions to create Figures
                                         辅助功能，以创建数字

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions are auxiliary function to affycompPlot. These Figures are used to assess an expression measure. They take components created by the assessDilution and assessSpikeIn
这些功能是辅助功能affycompPlot。这些数字是用来评估一个表达式措施。他们采取assessDilution和assessSpikeIn创建组件


用法----------Usage----------


affycomp.figure1(l,main="Figure 1",xlim=NULL,ylim=NULL)
affycomp.figure1b(l,main="Figure 1b",xlim=NULL,ylim=NULL,cex=0.85,all=FALSE)
affycomp.figure2(l,main="Figure 2")
affycomp.figure2b(l,main="Figure 2b")
affycomp.figure3(l, main = "Figure 3")
affycomp.figure4a(l, main = "Figure 4a",equal.lims=FALSE)
affycomp.figure4b(l, main = "Figure 4b")
affycomp.figure4c(l, rotate=TRUE, main = "Figure 4c")
affycomp.figure5a(l, main = "Figure 5a",maxfp=100)
affycomp.figure5b(l, main = "Figure 5b",maxfp=100)
affycomp.figure5c(l, main = "Figure 5c",maxfp=100)
affycomp.figure5d(l, main = "Figure 5d",maxfp=100)
affycomp.figure5e(l, main = "Figure 5e",maxfp=100)
affycomp.figure6a(l, main = "Figure 6a",xlim = NULL, ylim = NULL)
affycomp.figure6b(l, main = "Figure 6b",xlim = NULL, ylim = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：l
A list with the necessary components to create the Figure. See details.
一个必要的组件列表创建的图。查看详情。


参数：main
Title for the Figure.
图的标题。


参数：maxfp
range of the false positives in ROC will be from 0 to maxfp
中华民国误报的范围将是从0到maxfp


参数：xlim
x-axis limits.
X-轴的限制。


参数：ylim
y-axis limits.
y轴的限制。


参数：cex
size of numbers in figure 1b.
图1b中的数字大小。


参数：all
logical. If TRUE all spikeins are shown. Otherwise, only those resulting in smaller, realistic, fold changes are shown.
逻辑。如果TRUE所有spikeins，。否则，只有那些造成较小，求实，fold change。


参数：equal.lims
logical. If TRUE the limits of x-axis and y-axis will have same range.
逻辑。如果TRUEX轴和Y轴的限制，将有相同的范围。


参数：rotate
in the case of compfig4c one can eiher show the actual local slopes or the bias (local slope minus 1).
中的compfig4c一的情况下，可以eiher显示当地实际斜坡或偏见（当地边坡减1）。


Details

详情----------Details----------

Read the vignette for more details on what each Figure is. You can read assessSpikeIn and assessDilution to see which assessments are needed.
读取每个图的是什么的更多细节，小插曲。你可以阅读assessSpikeIn和assessDilution需要的评估。


值----------Value----------

Figures are produced.
数字产生。


作者（S）----------Author(s)----------


Rafael A. Irizarry



举例----------Examples----------




library(affycompData)
data(rma.assessment)
affycomp.figure1(rma.assessment$MA)
affycomp.figure2(rma.assessment$Dilution)
affycomp.figure3(rma.assessment$Dilution)
affycomp.figure4a(rma.assessment$Signal)
affycomp.figure4b(rma.assessment$Dilution)
affycomp.figure5a(rma.assessment$FC)
affycomp.figure5b(rma.assessment$FC2)
affycomp.figure6a(rma.assessment$FC)
affycomp.figure6b(rma.assessment$FC)

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