R语言 affxparser包 updateCelUnits()函数中文帮助文档(中英文对照)

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updateCelUnits(affxparser)
updateCelUnits()所属R语言包：affxparser

                                        Updates a CEL file unit by unit
                                         由单位更新为CEL文件的单位

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Updates a CEL file unit by unit.<br>
更新由单位为CEL文件的单位。参考

Please note that, contrary to readCelUnits(), this method can only update a single CEL file at the time.
请注意，相反readCelUnits（），这种方法只能更新一个单一的时间为CEL文件。


用法----------Usage----------


updateCelUnits(filename, cdf=NULL, data, ..., verbose=0)



参数----------Arguments----------

参数：filename
The filename of the CEL file.
为CEL文件的文件名。


参数：cdf
A (optional) CDF list structure either with field indices or fields x and y. If NULL, the unit names (and from there the cell indices) are inferred from the names of the elements in data.  
（可选）民防部队list结构与场indices或领域的x和y。如果NULL，单位名称（有单元指数）推断在data的元素的名称。


参数：data
A list structure in a format similar to what is returned by readCelUnits() for a single CEL file only.
一个list结构类似的格式是由readCelUnits（）返回一个单一的只为CEL文件。


参数：...
Optional arguments passed to readCdfCellIndices(), which is called if cdf is not given.
可选参数传递readCdfCellIndices（）的，被称为如果cdf没有给出。


参数：verbose
An integer specifying how much verbose details are outputted.
integer指定输出多少详细细节。


值----------Value----------

Returns what updateCel() returns.
返回什么updateCel（）返回。


民防结构重新安排工作----------Working with re-arranged CDF structures----------

Note that if the cdf structure is specified the CDF file is not queried, but all information about cell x and y locations, that is, cell indices is expected to be in this structure.  This can be very useful when one work with a cdf structure that originates from the underlying CDF file, but has been restructured for instance through the applyCdfGroups() method, and data correspondingly.  This update method knows how to update such structures too.
请注意，如果指定了cdf结构的CDF文件没有质疑，但有关单元X和Y位置，所有信息，单元指数有望在此结构。这可能是非常有用的，当一个与CDF结构的工作，源于底层的CDF文件，但已通过applyCdfGroups（）方法，例如重组和data相应。此更新的方法，知道如何更新过这样的结构。


作者（S）----------Author(s)----------


Henrik Bengtsson (<a href="http://www.braju.com/R/">http://www.braju.com/R/</a>)



参见----------See Also----------

Internally, updateCel() is used.
国内，updateCel（）使用。


举例----------Examples----------


##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
if (require("AffymetrixDataTestFiles")) {            # START #[开始＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

# Search for some available Calvin CEL files[搜寻一些可用的卡尔文CEL文件]
path <- system.file("rawData", package="AffymetrixDataTestFiles")
files <- findFiles(pattern="[.](cel|CEL)$", path=path, recursive=TRUE, firstOnly=FALSE)
files <- grep("FusionSDK_Test3", files, value=TRUE)
files <- grep("Calvin", files, value=TRUE)
file <- files[1]

# Convert to an XDA CEL file[转换到XDA为CEL文件]
pathname <- file.path(tempdir(), basename(file))
if (file.exists(pathname))
  file.remove(pathname)
convertCel(file, pathname)




# Check for the CDF file[CDF文件的检查]
hdr <- readCelHeader(pathname)
cdfFile <- findCdf(hdr$chiptype)

hdr <- readCdfHeader(cdfFile)
nbrOfUnits <- hdr$nunits
print(nbrOfUnits);

# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[----------------------------------]
# Example: Read and re-write the same data[例如：阅读和重新编写相同的数据]
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[----------------------------------]
units <- c(101, 51)
data1 <- readCelUnits(pathname, units=units, readStdvs=TRUE)
cat("Original data:\n")
str(data1)
updateCelUnits(pathname, data=data1)
data2 <- readCelUnits(pathname, units=units, readStdvs=TRUE)
cat("Updated data:\n")
str(data2)
stopifnot(identical(data1, data2))


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[----------------------------------]
# Example: Random read and re-write "stress test"[例如：随机读取和重新编写的“压力测试”]
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[----------------------------------]
for (kk in 1:10) {
  nunits <- sample(min(1000,nbrOfUnits), size=1)
  units <- sample(nbrOfUnits, size=nunits)
  cat(sprintf("%02d. Selected %d random units: reading", kk, nunits));
  t <- system.time({
    data1 <- readCelUnits(pathname, units=units, readStdvs=TRUE)
  }, gcFirst=TRUE)[3]
  cat(sprintf(" [%.2fs=%.2fs/unit], updating", t, t/nunits))
  t <- system.time({
    updateCelUnits(pathname, data=data1)
  }, gcFirst=TRUE)[3]
  cat(sprintf(" [%.2fs=%.2fs/unit], validating", t, t/nunits))
  data2 <- readCelUnits(pathname, units=units, readStdvs=TRUE)
  stopifnot(identical(data1, data2))
  cat(". done\n")
}

##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
}                                                     # STOP #[停止＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

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