R语言 affxparser包 readPgfEnv()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readPgfEnv(affxparser)
readPgfEnv()所属R语言包：affxparser

                                        Parsing a PGF file using Affymetrix Fusion SDK
                                         解析PGF的使用Affymetrix融合的SDK文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function parses a PGF file using the Affymetrix Fusion SDK. PGF (probe group) files describe probes present within probe sets, including the type (e.g., pm, mm) of the probe and probeset.
此功能解析PGF的使用Affymetrix融合SDK文件。 PGF（探针组）文件描述探针，探针台，包括探针和probeset的类型（例如，下午，MM）内。


用法----------Usage----------


readPgfEnv(file, readBody = TRUE, indices = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：file
character(1) providing a path to the PGF file to be input.
character(1)提供了一个在PGF文件的路径输入。


参数：readBody
logical(1) indicating whether the entire file should be parsed (TRUE) or only the file header information describing the chips to which the file is releavant.
logical(1)整个文件是否应该被解析（TRUE）或只描述芯片文件是releavant的文件头信息。


参数：indices
integer(n) vector of positive integers indicating which probesets to read. These integers must be sorted (increasing) and unique.
integer(n)向量表示这probesets阅读的正整数。这些整数必须按（增加）和独特的。


值----------Value----------

An environment. The header element is always present; the remainder are present when readBody=TRUE.
环境。 header元素是始终存在的，其余的是目前的当readBody=TRUE。

The elements present when readBody=TRUE describe probe sets, atoms, and probes. Elements within probe sets, for instance, are coordinated such that the ith index of one vector (e.g., probesetId) corresponds to the ith index of a second vector (e.g., probesetType). The atoms contained within  probeset i are in positions probesetStartAtom[i]probesetStartAtom[i+1]-1) of the atom vectors. A similar map applies to probes within atoms, using atomStartProbe as the index.
元素呈现时readBody=TRUE描述探针集，原子和探针。探针组内的元素，例如，协调等i一个向量日指数（例如，probesetId）i第二个向量日的指数（例如，对应于probesetType）。在probeseti中所包含的原子在岗位probesetStartAtom[i]probesetStartAtom[i+1]-1)原子的向量。类似的图适用于探针在原子，使用atomStartProbe作为索引。

The PGF file format includes optional elements; these elements are always present in the environment, but with appropriate default values.
在PGF文件格式，包括可选的元素，这些元素总是在环境中存在的，但适当的默认值。


参数：header
A list with information about the PGF file. The list contains elements described in the PGF file format document referenced below.
在PGF文件信息列表。该列表包含在PGF文件格式参考下面的文档中描述的元素。


参数：probesetId
integer vector of probeset identifiers.
整数向量probeset标识。


参数：probesetType
character vector of probeset types. Types are described in the PGF file format document.
字符向量probeset种类。在PGF文件格式的文件类型描述。


参数：probesetName
character vector of probeset names.
字符向量probeset名字。


参数：probesetStartAtom
integer vector of the start index (e.g., in the element atomId of atoms belonging to this probeset).
整数向量的起始索引（例如，在元素atomId属于本probeset的原子）。


参数：atomId
integer vector of atom identifiers.
原子标识符的整数向量。


参数：atomExonPosition
integer vector of probe interrogation position relative to the target sequence.
探针的审讯位置相对目标序列的整数向量。


参数：atomStartProbe
integer vector of the start index (e.g., in the element probeId of probes belonging to this atom).
整数向量的起始索引（例如，在元素probeId属于这种原子探针）。


参数：probeId
integer vector of probe identifiers.
探针标识的整数向量。


参数：probeType
character vector of probe types. Types are described in the PGF file format document.
探针类型的特征向量。在PGF文件格式的文件类型描述。


参数：probeGcCount
integer vector of probe GC content.
探针GC含量的整数向量。


参数：probeLength
integer vector of probe lengths.
探针长度的整数向量。


参数：probeInterrogationPosition
integer vector of the position, within the probe, at which interrogation occurs.
整数向量的位置，探针内，审讯时发生。


参数：probeSequence
character vector of the probe sequence.
探针序列的特征向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan <a href="mtmorgan@fhcrc.org">mtmorgan@fhcrc.org</a>



参见----------See Also----------

https://www.affymetrix.com/support/developer/fusion/File_Format_PGF_aptv161.pdf describes PGF file content.
https://www.affymetrix.com/support/developer/fusion/File_Format_PGF_aptv161.pdf介绍了PGF的文件内容。

The internal function .pgfProbeIndexFromProbesetIndex provides a map between the indicies of probe set entries and the indicies of the probes contained in the probe set.
内部功能.pgfProbeIndexFromProbesetIndex提供了图之间的探针集条目序号为探针探针集中的序号为。

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