rsgcc-package(rsgcc)
rsgcc-package()所属R语言包：rsgcc
Gini methodology-based correlation and clustering analysis of microarray and RNA-Seq gene expression data
基尼方法为基础的相关性和微阵列和RNA-Seq的基因表达数据的聚类分析
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This package provides functions for calculating the Gini, the Pearson, the Spearman, the Kendall and Tukey's Biweight correlations, Compared to the other mentioned correlation methods, the GCC may perform better to detect regulatory relationships from gene expression data. In addition, the GCC also has some other advantageous merits, such as independent of distribution forms, more capable of detecting non-linear relationships, more tolerant to outliers and less dependence on sample size. For more information about these correlation methods, please refer to (Ma and Wang, 2012). This package also provides an graphical user interface (GUI) to perform clustering analysis of microarray and RNA-Seq data in a coherent step-by-step manner.
这个包提供了计算的基尼中，Pearson，Spearman相关，肯德尔Tukey的Biweight的相关性，与其他相关方法相比，海湾合作委员会的功能可能有更好的表现，从基因表达数据的检测监管的关系。此外，GCC也有一些的其他有利优点，如独立的分配形式，更能够检测的非线性关系，更耐异常值和样本量较少依赖。对于这些相关方法的更多信息，请参阅（马，王，2012）。该软件包还提供了一个图形用户界面（GUI）微阵列和RNA-Seq的数据进行聚类分析在一个连贯的一步一步的方式。
Details
详细信息----------Details----------
注意----------Note----------
1) The implement of rsgcc requires several R packages developed by other developers(e.g., biwt, cairoDevice, fBasics, snowfall, grDevices, gplots, gWidgets, gWidgetsRGtk2, stringr, ctc). Please make sure that these packages have been successfully installed before loading the rsgcc package.
1）实施的rsgcc需要由其他开发人员（例如，biwt，cairoDevice，fBasics，降雪，grDevices，gplots，gWidgets，gWidgetsRGtk2，stringr，CTC）开发的几个R包。请确保已成功安装前加载rsgcc包，这些包。
2) A general method to install a new package on the computer is to use the command: install.package("packagename"). Some other methods can be found at http://math.usask.ca/~longhai/software/installrpkg.html. For the installation of ctc package, please use the biocLite resource with the following commands:
2）在电脑上安装一个新的软件包的通用方法是使用的命令：install.package（“软件包名”）。其他一些方法可以在http://math.usask.ca/~陇海/软件/ installrpkg.html的的。对于CTC包安装，请使用biocLite资源使用下面的命令：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
源（“http://bioconductor.org/biocLite.R”）
biocLite("ctc")
biocLite（“中国电信”）
3) To run the "rsgcc.gui()" function, please do remember to select the GUI toolkit "gWidgetsRGtk2".
3）运行“rsgcc.gui（）”函数，请记得选择的GUI的工具箱“gWidgetsRGtk2”。
4) Bug reports and suggestions/questions can be sent to Chuang Ma (chuangma2006@gmail.com) or Xiangfeng Wang (xwang1@cals.arizona.edu).
4）问题的报告和建议/问题可以发送到庄马（chuangma2006@gmail.com）或翔凤王（xwang1@cals.arizona.edu）的。
（作者）----------Author(s)----------
Chuang Ma, Xiangfeng Wang.
Maintainer: Chuang Ma <chuangma2006@gmail.com>
参考文献----------References----------
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-9-28 21:54:24
