R语言 affxparser包 readCelRectangle()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readCelRectangle(affxparser)
readCelRectangle()所属R语言包：affxparser

                                        Reads a spatial subset of probe-level data from Affymetrix CEL files
                                         读取从Affymetrix公司CEL文件的探针级数据空间的子集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads a spatial subset of probe-level data from Affymetrix CEL files.
读取一个由Affymetrix公司CEL文件的探针级数据空间的子集。


用法----------Usage----------


readCelRectangle(filename, xrange=c(0, Inf), yrange=c(0, Inf), ..., asMatrix=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：filename
The pathname of the CEL file.
为CEL文件的路径。


参数：xrange
A numeric vector of length two giving the left and right coordinates of the cells to be returned.
一个numericvector长度为二的单元要返回给左，右坐标。


参数：yrange
A numeric vector of length two giving the top and bottom coordinates of the cells to be returned.
一个numericvector长度给单元的顶部和底部的坐标被退回。


参数：...
Additional arguments passed to readCel().
额外的参数传递readCel（）的。


参数：asMatrix
If TRUE, the CEL data fields are returned as matrices with element (1,1) corresponding to cell (xrange[1],yrange[1]).
TRUE如果，CEL的数据字段作为矩阵元素（1,1），相应的单元产生（XRANGE [1]，yrange [1]）。


值----------Value----------

A named list CEL structure similar to what readCel(). In addition, if asMatrix is TRUE, the CEL data fields are returned as matrices, otherwise not.
命名listCEL的结构类似什么readCel（）。此外，asMatrix如果是TRUE，CEL的数据字段的矩阵，否则不返回。


作者（S）----------Author(s)----------


Henrik Bengtsson (<a href="http://www.braju.com/R/">http://www.braju.com/R/</a>)



参见----------See Also----------

The readCel() method is used internally.
readCel（）方法内部使用。


举例----------Examples----------


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if (require("AffymetrixDataTestFiles")) {            # START #[开始＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

rotate270 <- function(x, ...) {
  x <- t(x)
  nc <- ncol(x)
  if (nc < 2) return(x)
  x[,nc:1,drop=FALSE]
}


# Search for some available CEL files[寻找一些可用CEL文件]
path <- system.file("rawData", package="AffymetrixDataTestFiles")
file <- findFiles(pattern="[.](cel|CEL)$", path=path, recursive=TRUE)


# Read CEL intensities in the upper left corner[在左上角的读取CEL的强度]
cel <- readCelRectangle(file, xrange=c(0,250), yrange=c(0,250))
z <- rotate270(cel$intensities)
sub <- paste("Chip type:", cel$header$chiptype)
image(z, col=gray.colors(256), axes=FALSE, main=basename(file), sub=sub)
text(x=0, y=1, labels="(0,0)", adj=c(0,-0.7), cex=0.8, xpd=TRUE)
text(x=1, y=0, labels="(250,250)", adj=c(1,1.2), cex=0.8, xpd=TRUE)

# Clean up[清理]
rm(rotate270, files, file, cel, z, sub)


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}                                                     # STOP #[停止＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]


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