R语言 affxparser包 readCdfCellIndices()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readCdfCellIndices(affxparser)
readCdfCellIndices()所属R语言包：affxparser

                                        Reads (one-based) cell indices of units (probesets) in an Affymetrix CDF file
                                         读取（一）单位单元指数（probesets）在Affymetrix公司CDF文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads (one-based) cell indices of units (probesets) in an Affymetrix CDF file.
读取（为主）单元指标的单位，在Affymetrix公司CDF文件（probesets）。


用法----------Usage----------


readCdfCellIndices(filename, units=NULL, stratifyBy=c("nothing", "pmmm", "pm", "mm"), verbose=0)



参数----------Arguments----------

参数：filename
The filename of the CDF file.
CDF文件的文件名。


参数：units
An integer vector of unit indices specifying which units to be read.  If NULL, all units are read.
integervector单位指标指定要读取哪个单位。如果NULL，读取各单位。


参数：stratifyBy
A character string specifying which and how elements in group fields are returned. If "nothing", elements are returned as is, i.e. as vectors. If "pm"/"mm", only elements corresponding to perfect-match (PM) / mismatch (MM) probes are returned (as vectors). If "pmmm", elements are returned as a matrix where the first row holds elements corresponding to PM probes and the second corresponding to MM probes.  Note that in this case, it is assumed that there are equal number of PMs and MMs; if not, an error is generated. Moreover, the PMs and MMs may not even be paired, i.e. there is no guarantee that the two elements in a column corresponds to a PM-MM pair.
一个character指定哪些组领域中的元素如何返回字符串。 "nothing"如果元素返回的是，即vector的。如果"pm"/"mm"，返回相应的完美匹配（PM）/错配（MM）探针的唯一元素（vector的）。如果"pmmm"，元素返回一个矩阵，其中第一行持有相应下午探针和第二mm探针相应的元素。请注意，在这种情况下，它被认为有同等数量的PMS和MMS;如果不是，则会产生一个错误。此外，PMS和MMS可能甚至不进行配对，即有两个元素，在一列对应一个下午的MM对不能保证。


参数：verbose
An integer specifying the verbose level. If 0, the file is parsed quietly.  The higher numbers, the more details.
integer指定的详细级别。如果为0，该文件是悄悄地解析。较高的数字，更多的细节。


值----------Value----------

A named list where the names corresponds to the names of the units read.  Each unit element of the list is in turn a list structure with one element groups which in turn is a list.  Each group element in groups is a list with a single field named indices.  Thus, the structure is
一个名为list名称对应单位的名称读。单位列表中的每个元素是在打开一个元素list这又是一个groupslist结构。每个元素的组groups“是list有一个字段名为indices。因此，结构


单元指数是一个基于----------Cell indices are one-based----------

Note that in affxparser all cell indices are by convention one-based, which is more convenient to work with in R.  For more details on one-based indices, see 2. Cell coordinates and cell indices.
请注意，在affxparser所有单元指数是由公约的一个基础，这是更方便地在R基于指数的更多细节，请参阅2. Cell coordinates and cell indices。


作者（S）----------Author(s)----------


Henrik Bengtsson (<a href="http://www.braju.com/R/">http://www.braju.com/R/</a>)



参见----------See Also----------

readCdfUnits().
readCdfUnits（）。

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注：
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