R语言 affxparser包 readBpmap()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readBpmap(affxparser)
readBpmap()所属R语言包：affxparser

                                        Parses a Bpmap file
                                         剖析Bpmap文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Parses (parts of) a Bpmap (binary probe mapping) file from Affymetrix.
解析（部分），由Affymetrix公司1 Bpmap文件（二进制探针映射）。


用法----------Usage----------


readBpmap(filename, seqIndices = NULL, readProbeSeq = TRUE, readSeqInfo
= TRUE, readPMXY = TRUE, readMMXY = TRUE, readStartPos = TRUE,
readCenterPos = FALSE, readStrand = TRUE, readMatchScore = FALSE,
readProbeLength = FALSE, verbose = 0)

readBpmapHeader(filename)

readBpmapSeqinfo(filename, seqIndices = NULL, verbose = 0)



参数----------Arguments----------

参数：filename
The filename as a character.
作为一个字符的文件名。


参数：seqIndices
A vector of integers, detailing the indices of the sequences being read. If NULL, the entire file is being read.
一个整数向量，详细介绍了正在阅读的序列指数。如果NULL，正在读取整个文件。


参数：readProbeSeq
Do we read the probe sequences.
我们读的探针序列。


参数：readSeqInfo
Do we read the sequence information (a list containing information such as sequence name, number of hits etc.)
我们读的序列信息（一个列表，其中包含的信息，如序列名称，点击次数等）


参数：readPMXY
Do we read the (x,y) coordinates of the PM-probes.
我们读下午探针（X，Y）坐标。


参数：readMMXY
Do we read the (x,y) coordinates of the MM-probes (only relevant if the file has MM information)
我们阅读（X，Y）坐标的MM探针（唯一有关的，如果该文件信息的MM）


参数：readStartPos
Do we read the start position of the probes.
我们读探针的起始位置。


参数：readCenterPos
Do we return the start position of the probes.
我们回到起始位置的探针。


参数：readStrand
Do we return the strand of the hits.
我们返回的命中链。


参数：readMatchScore
Do we return the matchscore.
不要我们的matchscore返回。


参数：readProbeLength
Doe we return the probelength.
能源部我们的probelength返回。


参数：verbose
How verbose do we want to be.
我们希望被如何详细。


Details

详情----------Details----------

readBpmap reads a BPMAP file, which is a binary file containing information about a given probe's location in a sequence. Here sequence means some kind of reference sequence, typically a chromosome or a scaffold. readBpmapHeader reads the header of the BPMAP file, and readBpmapSeqinfo reads the sequence info of the sequences (so this function is merely a convinience function).
readBpmap读取BPMAP的文件，它是一个二进制文件中包含一个给定的探针的序列中的位置信息。这里的顺序是指一些参考序列，通常是染色体或棚架。 readBpmapHeader读的BPMAP文件的头，readBpmapSeqinfo读取序列（此功能仅仅是一个convinience功能）的序列信息。


值----------Value----------

For readBpmap: A list of lists, one list for every sequence read. The components of  the sequence lists, depends on the argument of the function call. For readBpmapheader a list with two components version and numSequences. For readBpmapSeqinfo a list of lists containing the sequence info.
readBpmap：一个列表，列表为每个序列读。序列列表的组成部分，取决于函数调用的参数。 readBpmapheader与version和numSequences两部分组成名单。 readBpmapSeqinfo包含序列信息的列表列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Kasper Daniel Hansen <khansen@stat.berkeley.edu>



参见----------See Also----------

tpmap2bpmap for information on how to write
tpmap2bpmap如何写信息

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