R语言 affxparser包 convertCdf()函数中文帮助文档(中英文对照)

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convertCdf(affxparser)
convertCdf()所属R语言包：affxparser

                                        Converts a CDF into the same CDF but with another format
                                         到相同的民防部队，但与其他格式转换成一个CDF

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Converts a CDF into the same CDF but with another format. Currently only CDF files in version 4 (binary/XDA) can be written. However, any input format is recognized.
到相同的民防部队，但与其他格式转换成一个CDF。目前只有民防部队在第4版文件（二进制/ XDA）可以写成。然而，任何输入格式是公认的。


用法----------Usage----------


convertCdf(filename, outFilename, version="4", force=FALSE, ..., .validate=TRUE, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：filename
The pathname of the original CDF file.
原CDF文件的路径。


参数：outFilename
The pathname of the destination CDF file. If the same as the source file, an exception is thrown.
目的地CDF文件的路径。如果源文件相同的，抛出一个异常。


参数：version
The version of the output file format.
输出文件的格式版本。


参数：force
If FALSE, and the version of the orignal CDF is the same as the output version, the new CDF will not be generated, otherwise it will.
如果FALSE，版本的原民防部队作为输出版本是相同的，不会产生新的民防部队，否则会。


参数：...
Not used.
不使用。


参数：.validate
If TRUE, a consistency test between the generated and the original CDF is performed.  Note that the memory overhead for this can be quite large, because two complete CDF structures are kept in memory at the same time.
如果TRUE，生成和原来的民防部队之间进行一致性测试。请注意，此内存开销可能相当大，因为两个完整的民防部队结构保存在内存中，在同一时间。


参数：verbose
If TRUE, extra details are written while processing.
如果TRUE，额外的细节都写在处理时。


值----------Value----------

Returns (invisibly) TRUE if a new CDF was generated, otherwise FALSE.
返回（不可见）TRUE如果生成一个新的民防部队，否则FALSE。


基准的ASCII和二进制CDFS----------Benchmarking of ASCII and binary CDFs----------

Binary CDFs are much faster to read than ASCII CDFs.  Here are some example for reading complete CDFs (the differnce is even larger when reading CDFs in subsets):
二进制CDFS比ASCII CDFS读取要快得多。这里有一些阅读完整CDFS（differnce是更大的阅读时亚群CDFS）的例子：

HG-U133A (22283 units): ASCII 11.7s (9.3x), binary 1.20s (1x).
HG-U133A（22283单位）：ASCII 11.7s（9.3倍），二进制1.20s（1X）。

Hu6800 (7129 units): ASCII 3.5s (6.1x), binary 0.57s (1x).
hu6800（7129单位）：ASCII 3.5S（6.1x），二进制0.57s（1X）。


二进制（XDA）CDFS证实convertions----------Confirmed convertions to binary (XDA) CDFs----------

The following chip types have been converted using convertCdf() and then verified for correctness using compareCdfs(): ASCII-to-binary: HG-U133A, Hu6800. Binary-to-binary: Test3.
以下的芯片类型已转为使用convertCdf()然后使用正确性验证compareCdfs()：ASCII到二进制：HG-U133A，Hu6800。二进制到二进制：Test3的。


作者（S）----------Author(s)----------


Henrik Bengtsson (<a href="http://www.braju.com/R/">http://www.braju.com/R/</a>)



参见----------See Also----------

See compareCdfs() to compare two CDF files. writeCdf().
看到compareCdfs（）比较两个CDF文件。 writeCdf（）。


举例----------Examples----------


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if (require("AffymetrixDataTestFiles")) {            # START #[开始＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]


chipType <- "Test3"
cdfFiles <- findCdf(chipType, firstOnly=FALSE)
cdfFiles <- list(
  ASCII=grep("ASCII", cdfFiles, value=TRUE),
  XDA=grep("XDA", cdfFiles, value=TRUE)
)

outFile <- file.path(tempdir(), sprintf("%s.cdf", chipType))
convertCdf(cdfFiles$ASCII, outFile, verbose=TRUE)

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}                                                     # STOP #[停止＃]
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