R语言 ACME包 findRegions()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

findRegions(ACME)
findRegions()所属R语言包：ACME

                                        Find all regions in data above p-value threshold
                                         p值阈值以上的数据中找到所有区域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

After the ACME calculation, each probe is associated with a p-value of enrichment.  However, one often wants the contiguous regions associated with runs of p-values above a given p-value threshold.
后ACME计算，每个探针与一个浓缩的p值。然而，人们往往要运行一个给定的p值阈值以上的p值相关的毗邻区域。


用法----------Usage----------


findRegions(x, thresh = 1e-04)



参数----------Arguments----------

参数：x
An ACMESetCalc object
ACMESetCalc对象


参数：thresh
The p-value threshold
p值阈值


Details

详情----------Details----------

Runs of p-values above the p-value threshold will be reported as one "region".  These can be used for downstream analyses, export to browsers, submitted for transcription factor binding enrichment analyses, etc.
p值p值阈值以上的运行将被报告为一个“区域”。这些可以用于下游分析，出口到浏览器，转录因子结合的富集分析等提交


值----------Value----------

A data frame with these columns:
与这些列的数据框：


参数：Length
The length of the region in probes
在探测区域的长度


参数：TF
Either TRUE or FALSE; TRUE regions represent regions of enrichment while FALSE regions are the regions between the TRUE regions
TRUE或FALSE;真正的区域代表富集的区域，而假的区域是TRUE，区域之间的区域


参数：StartInd
The starting Index of the region
该区域的起始索引


参数：EndInd
The ending Index of the region
结束该区域的指数


参数：Sample
The sample containing the region
该区域的样品中含有


参数：Chromosome
The Chromosome of the region
该区域的染色体


参数：Start
The starting basepairof the region
该区域出发basepairof


参数：End
The ending basepair of the region
结束该区域的碱基


参数：Median
The median p-value in the region
在该区域中位数的P-值


参数：Mean
The mean p-value in the region
在该区域的平均P-值


作者（S）----------Author(s)----------


Sean Davis <sdavis2@mail.nih.gov>



参见----------See Also----------

do.aGFF.calc, findClosestGene
do.aGFF.calc，findClosestGene


举例----------Examples----------


data(example.agff)
example.agffcalc <- do.aGFF.calc(example.agff,window=1000,thresh=0.9)
foundregions <- findRegions(example.agffcalc,thresh=0.001)
foundregions[1:6,]

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