R语言 ACME包 findClosestGene()函数中文帮助文档(中英文对照)

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findClosestGene(ACME)
findClosestGene()所属R语言包：ACME

                                        Find closest refseq gene
                                         查找最接近的RefSeq基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to find the nearest refseq transcript(s) to a point in the genome specified.  Note that it is limited to the refseq transcripts listed at genome.ucsc.edu, where this function goes for information.  
此功能是用来寻找最近的RefSeq转录（S）在指定的基因。请注意，它被限制在genome.ucsc.edu，此功能的信息中所列的RefSeq成绩单。


用法----------Usage----------


findClosestGene(chrom, pos, genome = "hg17", position = "txStart")



参数----------Arguments----------

参数：chrom
Usually specified like 'chr1', 'chr2', etc.  
一般像“chr1，chr2”等指定


参数：pos
A position in base pairs in the genome  
在基因组碱基对的位置


参数：genome
Something like 'hg16', 'hg17', 'mm6', etc.  
类似hg16，hg17“，的MM6”，等等。


参数：position
The location to measure distance from: one of 'txStart', 'txEnd', 'cdsStart', 'cdsEnd'
测量距离的位置：一个“txStart，txEnd，cdsStart，cdsEnd”


Details

详情----------Details----------

The first time the function is run, it checks to see if the refflat table for the given genome is present in the package environment.  If not, it downloads it to the /tmp directory and gunzips it (using getRefflat.  It is then stored so that in future calls, there is no re-download required.
第一次运行时，它的功能检查，看看是否为给定的基因组refflat表是包环境中。如果不是，将它下载到/ tmp目录（使用getRefflat gunzips。然后存储，以便在未来的检测，也没有重新下载需要。


值----------Value----------

A data frame with the gene name, refseq id(s), txStart, txEnd, cdsStart, cdsEnd, exon count, and distance.  Note that distance is measured as pos-position, so negative values mean that the point in the gene is to the left of the point specified in the function call (with the p-tel on the left).
一个数据框的RefSeq ID（S），基因名称，txStart，txEnd，cdsStart，cdsEnd，外显子数和距离。注意距离为POS位置的测量，因此负值意味着该基因的点是在函数调用中指定的位置（左侧检测与P-）的左侧。


注意----------Note----------

The function may return more than one transcript, as several
该函数可能返回多个成绩单，几个


作者（S）----------Author(s)----------


Sean Davis <sdavis2@mail.nih.gov>



举例----------Examples----------


findClosestGene('chr1',100000000,'hg17')

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