R语言 aCGH包 plotSummaryProfile()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotSummaryProfile(aCGH)
plotSummaryProfile()所属R语言包：aCGH

                                        plotSummaryProfile
                                         plotSummaryProfile

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function display the genomic events and tests for the differences between groups if they are specified.
此功能显示了基因组的事件，群体之间的差异和测试，如果他们被指定。


用法----------Usage----------


plotSummaryProfile(aCGH.obj,
                   response = as.factor(rep("All", ncol(aCGH.obj))),
                   titles = unique(response[!is.na(response)]),
                   X = TRUE, Y = FALSE, maxChrom = 23,
                   chrominfo = human.chrom.info.Jul03,
                   num.plots.per.page = length(titles),
                   factor = 2.5, posThres=100, negThres=-0.75)



参数----------Arguments----------

参数：aCGH.obj
an object of aCGH class.
aCGH类的对象。


参数：response
phenotype to compare. defaults to all the samples being analyzed together.  
表型的比较。默认为所有样品一起分析。


参数：titles
titles for the groups, defaults to the name of the response  
职称组，默认为response名称


参数：X
logical indicating whether X needs to be shown  
逻辑表示X是否需要显示


参数：Y
logical indicating whether Y needs to be shown   
逻辑说明是否需要显示Ÿ


参数：maxChrom
this parameter controls how many chromosomes will be plotted, from 1 to maxChrom
此参数控制多少染色体将被绘制，从1到maxChrom


参数：chrominfo
a chromosomal information associated with the mapping of the data  
染色体相关的信息与数据的映射


参数：num.plots.per.page
number of frequency plots per page. Default is the number of groups  
数目每页频率曲线。默认是组数


参数：factor
factor specifies the number by which experimental variability should be multiples. Used only when tumor specific variability in aCGH.obj is not NULL. Defaults to 2.5
factor指定的实验变异应该是倍数。仅用于肿瘤aCGH.obj特定变异时是不是NULL。默认2.5


参数：posThres
Threshold for gain. Set very high for homozygous deletion
增益阈值。定得很高，缺失


参数：negThres
Threshold for homozygous deletion
缺失的阈值


Details

详情----------Details----------

This function utilizes output of the find.genomic.events by plotting it and testing between groups. The test are performed using kruskal-wallis rank test.
此功能利用find.genomic.events策划和群体之间的测试输出。使用克鲁斯卡尔 - 沃利斯秩检验测试。


参见----------See Also----------

aCGH find.genomic.events
aCGHfind.genomic.events


举例----------Examples----------



data(colorectal)

## Plotting summary of the sample profiles[＃绘制简易的样本概况]
plotSummaryProfile(colorectal)


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