R语言 aCGH包 plotGenome()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotGenome(aCGH)
plotGenome()所属R语言包：aCGH

                                        Plots the genome
                                         绘制基因组

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Basic plot of the log2 ratios for each array ordered along the genome.
log2比率为每个阵列的基本图下令沿基因组。


用法----------Usage----------


plotGenome(aCGH.obj, samples = 1:num.samples(aCGH.obj), naut = 22,
           Y = TRUE, X = TRUE, data = log2.ratios(aCGH.obj),
           chrominfo = human.chrom.info.Jul03,
           yScale = c(-2, 2), samplenames = sample.names(aCGH.obj),
           ylb = "Log2Ratio")



参数----------Arguments----------

参数：aCGH.obj
an object of class aCGH
一个对象类aCGH


参数：samples
vector containing indeces of the samples to be plotted.
向量样品indeces要绘制。


参数：naut
number of autosomes in the organism
在生物体的染色体数目


参数：Y
TRUE if chromosome Y is to be plotted, FALSE otherwise
Y染色体是TRUE，如果要绘制，否则返回FALSE


参数：X
TRUE if chromosome X is to be plotted, FALSE otherwise
TRUE，如果要绘制的X染色体，否则返回FALSE


参数：data
a matrix containing values to use for plotting. defaults to the log2.ratios(aCGH.obj).
矩阵的值，包含使用的图。默认log2.ratios(aCGH.obj)。


参数：chrominfo
a chromosomal information associated with the mapping of the data.
染色体相关的信息与数据的映射。


参数：yScale
Minimum y-scale to use for plotting. Scale is expanded if any of the values exceed the positive or negative limit.  
规模最小Y绘图使用。规模扩大的任何值，如果超过的积极或消极的限制。


参数：samplenames
sample names.
样本名。


参数：ylb
label for the Y-axis.
Y轴的标签。


参见----------See Also----------

aCGH
aCGH


举例----------Examples----------



#plot samples in the order of descending quality [图样品中质量下降的顺序]
data(colorectal)
order.quality <- order(sd.samples(colorectal)$madGenome)
pdf("plotGenome.orderByQuality.pdf")
par(mfrow=c(2,1))
for(i in order.quality)
   plotGenome(colorectal, samples = i, Y = FALSE)
dev.off()


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。