R语言 aCGH包 mergeLevels()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

mergeLevels(aCGH)
mergeLevels()所属R语言包：aCGH

                                        mergeLevels
                                         mergeLevels

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Merging of predicted levels for array CGH data and similar.
合并阵列CGH数据和类似的预测水平。


用法----------Usage----------


mergeLevels(vecObs,vecPred,pv.thres=0.0001,ansari.sign=0.05,thresMin=0.05,thresMax=0.5,verbose=1,scale=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：vecObs
Vector of observed values, i.e. observed log2-ratios  
观测值向量，即观察log2比率


参数：vecPred
Vector of predicted values, i.e. mean or median of levels predicted by segmentation algorithm  
向量的预测值，即平均水平的中位数预测分割算法


参数：pv.thres
Significance threshold for Wilcoxon test for level merging  
秩合并水平测试的意义阈值


参数：ansari.sign
Significance threshold for Ansari-Bradley test  
安萨里布拉德利测试意义阈值


参数：thresMin
merge if segment medians are closer than thresMin , defaiult is 0.05
合并如果段的中位数比thresMin接近，defaiult为0.05


参数：thresMax
don't merge if segment medians are further than thresMax (unless needs to be merged for a different reason: wilcoxon test), default is .5
如果段中位数是，除非需要将合并为一个不同的原因：Wilcoxon检验）进一步比thresMax（不合并，默认是0.5


参数：verbose
if 1, progress is printed
如果为1，印进展


参数：scale
whether thresholds are on the log2ratio scale and thus need to be converted to the copy number. default is TRUE  
是否阈值上log2ratio规模，因此需要转换的拷贝数。默认值是TRUE


Details

详情----------Details----------

mergeLevels takes a vector of observed log2-ratios and predicted log2ratios and merges levels that are not significantly distinct.
mergeLevels需要观测的log2比的矢量和预测log2ratios和合并的水平没有显著不同。


值----------Value----------


参数：vecMerged
Vector with merged values. One merged value returned for each predicted/observed value  
向量与合并后的值。一个合并后的返回值每个预测/观测值


参数：mnNow
Merged level medians
合并水平的中位数


参数：sq
Vector of thresholds, the function has searched through to find optimum. Note, these thresholds are based on copy number transformed values
阈值向量，搜索功能已通过找到最佳。请注意，这些阈值的基础上拷贝数转换值


参数：ansari
The p-values for the ansari-bradley tests for each threshold in sq
P-安萨里-Bradley的测试，每平方米的阈值值


注意----------Note----------

vecObs and vecPred must have same length and observed and predicted value for a given probe should have same position in vecObs and vedPred. The function assumes that log2-ratios are supplied
vecObs和vecPred必须具有相同的长度，并观察和预测值，对于一个给定的探针应该有在vecObs和vedPred相同的位置。函数假设提供的log2比


作者（S）----------Author(s)----------


Hanni Willenbrock (<a href="mailto:Hanni@cbs.dtu.dk">Hanni@cbs.dtu.dk</a>) and Jane Fridlyand (<a href="mailto:jfridlyand@cc.ucsf.edu">jfridlyand@cc.ucsf.edu</a>)



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


# Example data of observed and predicted log2-ratios[例如数据的观察和预测log2比率]
vecObs <- c(rep(0,40),rep(0.6,15),rep(0,10),rep(-0.4,20),rep(0,15))+rnorm(100,sd=0.2)
vecPred <- c(rep(median(vecObs[1:40]),40),rep(median(vecObs[41:55]),15),
  rep(median(vecObs[56:65]),10),rep(median(vecObs[66:85]),20),rep(median(vecObs[86:100]),15))

# Plot observed values (black) and predicted values (red)[图观测值（黑）和预测值（红色）]
plot(vecObs,pch=20)
points(vecPred,col="red",pch=20)

# Run merge function[运行合并功能]
merge.obj <- mergeLevels(vecObs,vecPred)

# Add merged values to plot[新增合并值绘制]
points(merge.obj$vecMerged,col="blue",pch=20)

# Examine optimum threshold[检查最优阈值]
merge.obj$sq

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。