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impute.lowess(aCGH)
impute.lowess()所属R语言包：aCGH

                                        Imputing log2 ratios
                                         她指的log2比率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Imputing log2 ratios
她指的log2比率


用法----------Usage----------


impute.lowess(aCGH.obj, chrominfo = human.chrom.info.Jul03, maxChrom =
23, smooth = 0.1)



参数----------Arguments----------

参数：aCGH.obj
Object of class aCGH.
对象类aCGH。


参数：chrominfo
a chromosomal information associated with the mapping of the data
染色体相关的信息与数据的映射


参数：maxChrom
Highest chromosome to impute.
最高染色体推诿。


参数：smooth
smoothing parameter for the lowess procedure
LOWESS过程平滑参数


Details

详情----------Details----------

There are two main reasons to impute data. One is that given that imputation is reasonable, one can increase the analytical power and improve results. Another, more practical, is that at the moment many widely used fuctions in R do not support missing values. While procedures such as kNN imputations is widely used for gene expression data, it is more powerful to take advantage of the genomic structure of the array CGH data and use a smoother. Note that we perform only one pass os smoothing. If there still remain missing values, they are imputed by the median on the chromosome or chromosomal arm where applicable,
归罪于数据主要有两个原因。之一是，鉴于估算是合理的，可以提高分析能力和提高的结果。另外，更实用，是目前许多广泛使用在R fuctions不支持缺失值。虽然kNN的估算等程序被广泛用于基因表达数据，它是更强大的基因组结构的阵列CGH数据的优势和使用更顺畅。请注意，我们执行的是只有一通OS平滑。如果仍然存在缺失值，他们归咎于染色体或染色体臂如适用的中位数，


值----------Value----------

Computes and returns the imputed log2 ratio matrix of the aCGH object.
计算并返回的log2的aCGH对象比矩阵的估算。


参见----------See Also----------

aCGH, impute.HMM.
aCGH，impute.HMM。


举例----------Examples----------



datadir <- system.file(package = "aCGH")
datadir <- paste(datadir, "/examples", sep="")

clones.info <-
      read.table(file = file.path(datadir, "clones.info.ex.txt"),
                 header = TRUE, sep = "\t", quote="", comment.char="")
log2.ratios <-
      read.table(file = file.path(datadir, "log2.ratios.ex.txt"),
                 header = TRUE, sep = "\t", quote="", comment.char="")
ex.acgh <- create.aCGH(log2.ratios, clones.info)

## Imputing the log2 ratios [＃归咎于的log2比率]

log2.ratios.imputed(ex.acgh) <- impute.lowess(ex.acgh)


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