R语言 aCGH包 impute.HMM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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impute.HMM(aCGH)
impute.HMM()所属R语言包：aCGH

                                        Imputing log2 ratios using HMM
                                         利用HMM归咎于log2比率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Imputing log2 ratios using the output of the HMM segmenttation
她指的log2使用的HMM segmenttation输出的比率


用法----------Usage----------


impute.HMM(aCGH.obj, chrominfo = human.chrom.info.Jul03, maxChrom =
23, use.BIC = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：aCGH.obj
Object of class aCGH.
对象类aCGH。


参数：chrominfo
a chromosomal information associated with the mapping of the data
染色体相关的信息与数据的映射


参数：maxChrom
Highest chromosome to impute.
最高染色体推诿。


参数：use.BIC
logical parameter; if true impute missing values based on the Hidden Markov Model selected using Bayesian Information Criterion impute missing data, otherwise use AIC.
逻辑参数;若隐马尔可夫模型为基础的真正的填补缺失值选择使用贝叶斯信息准则填补缺失数据，否则使用了AIC。


Details

详情----------Details----------

See details in aCGH discussion.
见aCGH讨论的细节。


值----------Value----------

Computes and returns the imputed log2 ratio matrix of the aCGH object using the output of the Hidden Markov Model segmentation done by invoking find.hmm.states function.
计算并返回的log2的aCGH使用隐马尔可夫模型调用find.hmm.states功能进行分割输出的对象比矩阵的估算。


参见----------See Also----------

aCGH, find.hmm.states, impute.lowess.
aCGH，find.hmm.states，impute.lowess。


举例----------Examples----------



datadir <- system.file(package = "aCGH")
datadir <- paste(datadir, "/examples", sep="")

clones.info <-
      read.table(file = file.path(datadir, "clones.info.ex.txt"),
                 header = TRUE, sep = "\t", quote="", comment.char="")
log2.ratios <-
      read.table(file = file.path(datadir, "log2.ratios.ex.txt"),
                 header = TRUE, sep = "\t", quote="", comment.char="")
ex.acgh <- create.aCGH(log2.ratios, clones.info)

## Imputing the log2 ratios [＃归咎于的log2比率]

hmm(ex.acgh) <- find.hmm.states(ex.acgh, aic = TRUE, delta = 1.5)
log2.ratios.imputed(ex.acgh) <- impute.HMM(ex.acgh)


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