findOutliers.func(aCGH)
findOutliers.func()所属R语言包：aCGH
Function to identify outlier clones
功能，以确定离群克隆
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function identified the clones that are outliers.
功能确定是离群的克隆。
用法----------Usage----------
findOutliers.func(thres, factor = 4, statesres)
参数----------Arguments----------
参数：thres
Estimate of experimental variability, generally, madGenome
实验变异的估计，一般，madGenome
参数：factor
Factor indicating how many standard
多少个标准因素说明
参数：statesres
The states output of the hmm.run.func
hmm.run.func输出
Details
详情----------Details----------
The outliers are the clones that are dissimilar enough from the clones assigned to the same state. Magnitude of the factor determines how many MADs away from a median a value needs to be to be declared an outlier. Outliers consitent over many samples may indicate technological artificat with that clone or possibly copy number polymorpism.
离群值的不同，从分配到相同的状态的克隆的克隆。多少MADS远离中位值需要是要宣布一个离群的大小决定的因素。离群在许多样品consitent可能表明，克隆或可能拷贝数多态型技术artificat。
值----------Value----------
参数：outlier
Binary matrix with a row for each clone and column for each sample. "1" indicates outlier, 0 otherwise.
每个样品每个克隆和列与行的二元矩阵。 “1”表示离群，否则为0。
参数：pred.obs.out
Matrix with a row for each clone and column for each sample. The entries are the median value for the state with outliers exceluded for all clones but outliers. The value if the observed value for the outliers.
一排每个样品每个克隆和列的矩阵。条目是为国家的中位数与所有克隆，但离群exceluded离群值。如果观测值的离群值。
参数：pred.out
Matrix with a row for each clone and column for each sample. The entries are the median value for the state
一排每个样品每个克隆和列的矩阵。条目是为国家的中值
作者（S）----------Author(s)----------
Jane Fridlyand
参考文献----------References----------
array CGH data, Fridlyand et.al., JMVA, 2004
参见----------See Also----------
aCGH
aCGH
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注：
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发表于 2012-2-25 10:59:39
